本作讲述的是这样一个故事：回到王立警察特殊犯罪捜査课的天才搜查官基思（キース・フリック）追寻着某个事件的犯人。该犯人是专门猎杀凶恶犯罪者的连续杀人犯，通称“Killer B”。在犯罪现场必然会刻下的“B”的文字引起了人们的注意和猜测。“B”其实是为了她的留言。“我在这里……”即使是身体变成了异形，黑羽也继续刻下无法传递的思念。基思和黑羽，两个未曾相见的人的命运终于被一个同样的阴谋卷在一起。
ゾイドとは、銀河の彼方に生息する、戦う意思を持った金属生命体である。 惑星が最後を迎え、人類は第二の故郷として地球を目指すが、ゾイド因子の暴走と不慮のタイムワープで、突如、21世紀の地球にゾイドが出現。ゾイドによる破壊と度重なる地殻変動で地球は一度滅びた。 レオは自ら発掘したビーストライガーを相棒に、地球の未来を左右する少女サリーと冒険の旅に出発した。
19世紀英国―― 名門貴族ファントムハイヴ家の執事セバスチャン・ミカエリスは 13歳の主人シエル・ファントムハイヴとともに “女王の番犬”として裏社会の汚れ仕事を請け負っていた。 ある日、シエルの元に女王から、 英国屈指の名門寄宿学校・ウェストン校に通う親族・デリックほか 複数人の生徒が音信不通になっているという手紙が届く。 かくしてセバスチャンとシエルは、事件を調査するためにウェストン校に潜入する。 事件の真相とは…？
