作品描述身为班长（委员长）、并且拥有完美主义的主角「北神未海」，虽然暗恋着问题三人组之一的「东条潮」，却因为不断有人搅乱导致她至今无法告白。未海因为自己的事情搞的手忙脚乱，另一方面还要帮助其他人解决烦恼、并给他们完美的建议，《極上!!めちゃモテ委員長》就是描绘这些发生在主角周围大小事的高中校园作品。
故事发生在地处偏远的私立八光学园之中，一直以来，八光学园都以极为严明的校风，以及培养真正的淑女而闻名遐迩。然而，自2011年4月起，学园由单纯的女校改为了男女混校，五位并不“高贵”亦不“纯洁”的男生首次踏上了这片从未遭受过“污染”的“圣地”。
各方面都只能用平凡来形容的藤野清志（神谷浩史 配音）、喜欢研究三国志的诸葛岳人（小西克幸 配音）、清志的中学好友若本真吾（铃村健一 配音）、身体虚弱沉默寡言的根津让二（浪川大辅 配音）和抖M宅男安堂丽治（兴津和幸 配音），当这胆大包天的五人决心进行女子澡堂偷窥行动而后彻底暴露被捕之时，等待着他们的竟然是冰冷的铁窗，和来自于里学生会成员们的残酷折磨！
菜乃花自由（小西宽子 配音）自幼丧母，由父亲抚养长大。随着时间的流逝，对母亲之死一直无法释怀的自由慢慢的对忙于工作的父亲产生了怨怼。这一天，自由像往常一样走在上学的路上，一个武士打扮的怪异男子拦住了她的去路。怪人自称小田豪鲤之助（置鮎龙太郎 配音），目的是将一个可疑的眼罩送给自由。在半推半就下，自由收下了眼罩，却没想到这一举动，改写了她今后的人生轨迹。 原来眼罩为一代剑豪柳生十兵卫所有，而带上眼罩后的自由，居然变身成为了她的继承人。就这样，面对着不断出现的敌人，自由走上了一条争斗与斩杀的道路。而在修炼剑术的同时，自由也逐渐的理解了父亲对于自己和家庭所付出的辛劳。
