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数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，                                                                      　　被分为银河帝国与自由行星同盟这两个                                                                      　　拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。                                                                      　　两国之间的抗争持续了150年，                                                                      　　以无边无际的广袤银河为舞台，                                                                      　　重复着无止境的战斗。                                                                      　　银河帝国的门阀贵族社会的腐败，                                                                      　　以及自由行星同盟可称为民主主义的弊端的群愚政治                                                                      　　侵蚀着两个国家。                                                                      　　之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。                                                                      　　“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，                                                                      　　以及人称“不败的魔术师”的杨威利。                                                                      　　两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。

　　人间体乡秀树的梦想是成为一名出色的赛车手，可这个梦想在第一集中破灭了——乡秀树为了救一个为救小狗鲁莽行事的小孩而不幸被残暴的怪兽杀害。和他共事的挚友坂田（女朋友秋子的哥哥）把他们刚合作完成的赛车点燃以悼念死去的乡。
　　当乡又复活时所有人都感到不可思议，乡被杰克·奥特曼赋予 了新的生命。此后，他就可以变身成为杰克·奥特曼为保护地球而战斗了。杰克奥特曼是强大的奥特战士，同时也是热爱人类的宇宙英雄。

　　这是一个人类理所当然拥有超能力“个性”的世界。被称为「笨久」的“无个性”少年·绿谷出久与憧憬的No.1英雄欧尔麦特相遇，被其发现绿谷隐藏的英雄资质，从欧尔麦特手中继承了“个性” One For All。笨久进入了英雄辈出的名门高中·雄英高中，以成为用“个性”拯救社会和人们的英雄为目标，和同学们一起度过了充满考验的每一天。 虽然打倒了宿敌All For One，但欧尔麦特也用尽了力量，便从职业英雄隐退。笨久继承了他的遗志，拿到了「职业英雄临时执照」，又接近了“最棒的英雄”一步。这时，笨久遇见了雄英三巨头中的一位，在职业英雄夜目爵士手下进行校外实习的三年级学生·通形未吏生。其压倒性的实力，让笨久更加向往在职业英雄事务所参加可以真正进行英雄活动的校外实习。另一边，不安分的＜Villain＞团体·死秽八斋会的年轻头领解修师，与继承了All For One意志的敌人＜Villain＞联军首领死柄木吊进行了接触。之后，在解修师的身旁，出现了一位少女的身影。 笨久与英雄候补生们即将与新的 “威胁” 进行战斗，新的 “使命” 挑战也开始了！！

拯救将近毁灭的世界不是一件简单的任务。因此，当城之内获得了四人的异国旅行的机会，游戏和他的朋友决定要珍惜这次难得的旅行，大概他们是这么认为的吧！在到达他们的目的地之前，他们的飞机失事，他们到了一个荒芜人烟的森林，遇见了神秘的 Dr. Alex Brisbane。Dr. Alex Brisbane惊奇地发现了，距离埃非常悠远的这个地方，有一个秘密的金字塔，通往另一个世界，胶囊怪兽的世界。                                                                      　　当游戏和他的朋友进入这个金字塔的时候，他们魔法传送到远古生物居住的危险王国，他们在一个神秘的迷宫中迷路,为了要找到通道回家,作了许多试验。                                                                      　　当游戏在生命危险的时候，他把的决斗盘换为 Capsule Shooter，一场生死决斗开始

　　土间埋（田中爱美 配音），校园中女神一般的存在，成绩优异体育万能，个性温柔正直善良，然而，只有她的哥哥太平（野岛健儿 配音）知道，众人眼中光芒万丈的小埋，在进入家门的那一刹那，就会瞬间变成披着仓鼠斗篷，满地打滚，除了吃就是睡和玩的超级干物女。
　　海老名菜菜（影山灯 配音）是小埋的好友，两人住在同一间公寓中，常常和太平以及小埋一同吃饭。本场切绘（白石晴香 配音）在无意之中捡到了小埋的学生证，于是一路找到了小埋家。橘（古川由里奈 配音）将在学校中视小埋为最强劲的对手，却在没有认出小埋的情况下和她成为了好友。最终，这些女孩子们是否会发现小埋的真实身份呢？