人族领地遭到灰猿人族和猪人等亚人种入侵，战乱时代持续不断。 拉格村的少年·凯为了守护村庄，每天都在战斗中度过。在被称为“加护者”的强大力量持有者的严酷战斗中，伙伴们接连倒下，而自己却突然回忆起本不该经历的不可思议的记忆。那是比这个世界更先进的文明技术和人们生活的知识。然而，原本只是一个普通村民的凯，不久后将被卷入巨大的考验之中。在残酷的世界中，一位少年的战斗与成长的壮丽奇幻故事在此展开。
在美国有一座古老的小山丘，山上的教堂里有个叫做保儿之家的孤儿院。里面的两个修女宝妮和雷恩照顾着许多孤儿。在一个大雪的夜晚两个修女听到了婴儿的哭声从外面传来，顺着哭声找去看到了两个在襁褓里的婴儿。她们分别叫甜甜怀特和安妮，转眼10年过去了，小伙伴们渐渐的都被领养走了，甜甜却不愿离开，她和安妮就像亲姐妹一样不愿分开。一次她和安妮外出遇到危险被有钱人布莱顿救下，后来安妮被布莱顿夫妇收养过上了幸福生活。一天甜甜思念安妮在山坡上哭泣，遇到了吹着风笛像童话里王子一样的英俊少年，自从遇到这位心中的白马王子后，甜甜对美好的未来充满了希望。在孤儿院最被宠爱的甜甜，后来来到莱根家给伊莎小姐当玩伴，第一天到莱根家就被伊莎和尼爾兄妹欺负，今后究竟怎样的命运在等带着甜甜呢？
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
