周元为提升实力，决定和夭夭、吞吞前往圣迹之地夺取大机缘。路上偶遇万兽王朝的小郡主绿萝、剑王朝的剑瞎子李纯钧、左丘家族的妖女左丘青鱼等天骄，结为好友。同时，周元的一生之敌、蟒雀吞龙的蟒、大武太子武煌，也来到圣迹之地。双龙相会，风云变色。圣迹之地的造化之争开启，周元与小伙伴们一起挫败了东玄大陆的阴谋，并在随后一对一的战斗中，怒战仇敌武煌，夺回原本属于自己的圣龙气运。
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
世界各地接连出现神秘海怪毁坏商船事件，引发恐慌，传言海洋面临 灾难。潜艇阿力决定集结伙伴追踪“海怪”，却发现“海怪”是 一 艘 以 “环保”为借口来开展邪恶计划的科技潜艇。为了解开这些 谜团，阿力和朋友们利用所学知识，开始了海底两万里的漫游探险。
游戏手残莫小西，莫名其妙的穿越到自己玩的一款游戏当中，还被系统逼着成为一代帝后……
自从上次蛇蛙大战后，蛙国又恢复了和平繁荣的生活。可是，和平的日子没持续多久，奇怪的事件又再降临青蛙王国。一张写着大祸即将降临青蛙王国的传单，散落在蛙国各地，关于“水晶青蛙”的传说正流传于民间。 水晶青蛙，护国神器，大难大祸将至，究竟青蛙王国会面临怎样的命运，青蛙勇士这次 又能否化解蛙国危机的再临呢？ 与此同时，逃婚的小雨点（孙楠 配音）与公主重遇，二人之间的关系变得十分紧张。在蛙国大难来临之前，他们又能否化解彼此内心的隔阂，牵手抵御灾难的降临。
