故事发生在一年战争期间，正和初代高达的故事平行。到地球战线赴任的年轻联邦军官斯罗·亚玛达，在一次偶然的交火中，结识了敌人、也就是吉恩军的女驾驶员爱娜·萨哈林。这一对互相抱有好意的年轻人，因为正属于敌对的两方，所以不得不互相战斗，在战争中苦苦维持自己的感情；另一方面，斯罗和他所带领的、第08MS小队的队员们，也在不断的战斗中逐步培养起友谊和信赖。
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
当积雪完全融化后，关东地区的飚车手之间渐渐流传起了一个传闻，在Internet上出现了一个由群马的飚车手所建立的网站，向整个关东地区征集对手并扬言要达成“关东最速计划”，甚至还十分专业地把赛道等资料罗列出来，该网站也就是那个车队的名字叫做“Project D”！ 枥木县S市“SEVEAN STARS”车队便是“D计划”远征的第一站。末次澈是“SEVEAN STARS”下山道最快的车手，也是个非常有趣的人。为了备战他特意向女友借钱购置新轮胎，结果女友生气地警告他如果输了的话就要放弃赛车，为两人的将来好好做打算。终于到了周末，出现在末次他们眼前的是黑白相间的86、黄色的FD以及一台印着“Project D”的白色面包车。
