奇蛋物语 特别篇

　　故事发生在名为恩典农场的孤儿院内，在这里生活着很多失去了亲人，无家可归的孩子们，他们共有36人，每天，在劳作和玩耍之余，孩子们还要进行学习和测验，其中，佼佼者是名为艾玛（诸星堇 配音）的女孩和名为诺曼（内田真礼 配音）的男孩。负责管理和看护这些孩子们的女性名叫伊莎贝拉（甲斐田裕子 配音），孩子们喜欢喊她“妈妈”。每过一段时间，都会有一个孩子被收养离开农场，生活在这里的孩子们都将此作为自己的人生目标。                                    
                               　　一次偶然中，艾玛发现了隐藏在这座孤儿院背后的秘密，那些离开的孩子根本就没有被领养，而是被屠宰了，生活在恩典农场的孩子们，其实就是这座农场所饲养的“牲畜”。

拯救将近毁灭的世界不是一件简单的任务。因此，当城之内获得了四人的异国旅行的机会，游戏和他的朋友决定要珍惜这次难得的旅行，大概他们是这么认为的吧！在到达他们的目的地之前，他们的飞机失事，他们到了一个荒芜人烟的森林，遇见了神秘的 Dr. Alex Brisbane。Dr. Alex Brisbane惊奇地发现了，距离埃非常悠远的这个地方，有一个秘密的金字塔，通往另一个世界，胶囊怪兽的世界。                                                                      　　当游戏和他的朋友进入这个金字塔的时候，他们魔法传送到远古生物居住的危险王国，他们在一个神秘的迷宫中迷路,为了要找到通道回家,作了许多试验。                                                                      　　当游戏在生命危险的时候，他把的决斗盘换为 Capsule Shooter，一场生死决斗开始

　　故事描写了一对由于灵媒体质而被妖怪纠缠的姐妹，姐姐静流的能力是“见鬼”（看得到妖怪）而妹妹瑞生则是“凭巫”（容易被妖怪附身），而他们可以徘徊于阴阳两界。
　　不知怎样培育这两个孩子的家庭，决定把他们托付给乡下的祖父母。在乡村平静的生活中，两姐妹从祖父母还有村民那里学习了与妖怪以及自然共存的重要意义，还理解了过去的人们尊重鬼神、敬畏自然的想法，通过植根于乡村生活中的风俗习惯掌握了现代人早已忘记的“珍贵的东西”。

　　在老家的餐饮店“幸平餐馆”一边帮忙下厨一边磨炼厨艺的幸平创真，前往超级精英料理学校“远月茶寮料理学园”入学。幸平创真在学园中与各式各样的料理人相遇并不断成长着，同时也开始摸索“只属于自己的料理”。
　　幸平创真在真实餐厅学习的“在职料理课程”中进一步积累了经验，突破了以往的自己，习得了新的料理，成功完成了课程并且迎来了新的成长。
　　实地研修结束后，幸平创真在不断练习厨艺中度过每一天，并终于在“赏红叶会”向学园的顶点远月十杰发起了挑战。
　　创真和远月十杰盯上了远月例行的学园祭“月飨祭”，每年有50万客人造访的怪物活动，他们会发生什么事？
　　另一方面，背后一些人在悄然实施着计划――？创真新的战斗拉开了序幕！

　　这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。这边热热闹闹，游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。
　　50名体验者刚分别进入一个外型酷似蚕茧的“大型胶囊”，游戏即被自称“诺亚方舟”的人工智能控制，“诺亚方舟”称游戏将提供5个完全真实的历史场景，体验者可选择其中之一进入，被淘汰会进入休眠状态，若最后无人走到终点，他们的大脑组织皆会被摧毁，此举是为令日本社会重生。柯南一行及几个骄横无礼的上流社会公子哥进入的是19世纪伦敦的贝克街，那里杀人犯开膛手杰克正在兴风作浪，他身上正有柯南要找的答案！而优作也在现实中正对案件展开调查。