七年前，楚云飞遭家族聚变，流落中州药王谷。 七年间他凭着自己的努力，名震中州修炼界，随后他回过故土报仇，立誓要查清当年真相。然而在此过程中，他屡遭暗算，经过艰难调查，他惊讶发现幕后黑手竟是如今执掌帝国的帝后……
伍六七接到神秘任务过程中却意外丧失记忆，为了唤醒记忆，伍六七去到过往记忆发生的地方见到记忆相关的人，其身世之谜也随之逐渐浮出水面。
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
在这一季里，超级飞侠们都升级成为了愿望守护者 。 在新的一季中，超级飞侠们将摇身一变成为勇敢的愿望守护者，他们不仅拥有酷炫的新装备，同时每个超级飞侠都拥有不同属性的能量球。 在遇到困难需要帮助时，呼叫愿望守护者，启动愿望守护者程序，超级飞侠会带着不同的能量球，启动能量球，加入愿望守护，共同解决面临的阻碍与困难。 愿望能量球可以给超级飞侠和孩子们相同的强大力量去武装来完成伟大的事情，每个愿望能量球蕴含来自于我们身边的自然世界中不同的超强能量，它们是旋风、水波、大地、钢铁、动物、闪电、火焰等能量。 愿望守护者的任务是为小朋友们排忧解难帮助小朋友们实现他们的美好愿望。
在遥远的恐龙星球，三角龙菜头从小喜欢汽车，能够参加恐龙世界的“神龙谷”赛车总决赛是菜头和所有车手的梦想，一次偶然的机会得知父亲是最棒的赛车手，并被神龙谷赛车场的幕后老板陷害，怀揣赛车梦想和为父亲复仇的菜头，在洋葱和明叔的帮助下，与反派展开了一场激烈的赛车大战......
