在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。
学園ヴァンガード！？ この物語の主人公・先導アイチが葛木カムイ、戸倉ミサキとチームを組みVFアジアサーキットを制してからはや数か月・・・中学生だったアイチは高校生になっていた。 アイチの通う学校は優秀な生徒たちが集まる名門として知られる宮地学園高等部。ヴァンガードを介して友達となった森川カツミや井崎ユウタといった同級生たちは別の高校に進学し、アイチは孤独な環境で高校生活をスタートする。 入学した当初は慣れない環境に戸惑ってばかりのアイチだったが、馴染みのカードショップ「カードキャピタル」の仲間である櫂トシキや三和タイシたちのアドバイスを受け、学校生活を充実させるため、アイチは学校にヴァンガードをする部活「カードファイト部」を作ろうとする。
平和をもたらした暴虐の魔王は、 地底に広がる未知の世界で行われる神の代行者を選ぶ戦い《選定審判》に巻き込まれていく。 それは、あらゆる理不尽をものともしない《不適合者》の失われた記憶を辿る物語。 そして過去は世界の理へ導かれる——。 「神ごときの力が魔王を上回るとでも思ったか」
在同一个屋檐下，仅限一分钟，梦幻般的时间——
以升入大学为契机住进合租房的辽太。
在那里住着超绝美人的合租室友桃香和奏。
男女三人在生活中定下了「秘密的规则」
那就是“仅限一分钟，触碰哪里都会被允许的接触点数"
扑通扑通心跳不停，甜美的合租生活开始了——
ネクロマンサーのユーによってゾンビに、天才少女ハルナによって魔装少女にされた主人公・相川歩であったが、最近は平穏な日々を送っていた。だが、運命は彼に安息の日々を許さなかった。 吸血忍者のセラ、学園妻のトモノリ、ネットアイドルのサラス、優等生の平松妙子といった美少女ヒロインたちに加え、学園に出没する謎の"妖精さん"が、彼を新たな困惑の日々に巻き込もうとしていた。
全人類が、謎の現象により一瞬で石化して数千年――。 超人的な頭脳を持つ、根っからの科学少年・千空が目覚めた。 文明が滅んだ石の世界(ストーンワールド)を前に、千空は、科学の力で世界を取り戻すことを決意。新たな仲間を集め『科学王国』を作りあげる。 しかし、そこへ霊長類最強の高校生・獅子王司率いる『武力帝国』が立ちはだかる。 人類の浄化を目指し、強大な武力によって科学の発展を阻止しようとする司。 科学vs武力の戦いは激闘の末、千空たち科学王国が優勢となり、両国は遂に和解する。 仲間の謀反によってコールドスリープ状態になった司、そして、全人類を復活すべく、 科学王国は石化光線の発生源、地球の裏側・新世界を目指す！ 世界に飛び出て石化の謎を解き明かす！ 石の世界(ストーンワールド)大航海時代がついに開幕する――!!
