我的新上司是天然呆

为了整理外婆的遗物，主人公鹰原羽依里在暑假独自来到了鸟白岛。                                    
                               　　走下一天只有几趟的渡轮，他遇见了一位少女。她任凭海风吹拂着发丝，只是眺望着……那水天相接的边境。回过神来，那位少女不知已经去往何方。羽依里似乎有些怅然若失，但他还是向外婆家走去。                                    
                               　　有一位羽依里的小姨住在外婆家，她已经开始在那里整理遗物了。羽依里帮忙整理着充满着外婆回忆的遗物时，也逐渐适应了初来乍到时让他无所适从的“岛上的生活”。                                    
                               　　在都市生活中无法体会到的，与大自然的邂逅。这样的岛上生活，能让他想起曾经遗忘的，值得怀念的点点滴滴。                                    
                               　　与眺望着大海的少女相遇。                                    
                               　　与迫寻奇幻蝴蝶的少女相遇。                                    
                               　　与寻找回亿和海盗船的少女相遇。                                    
                               　　与住在宁静灯塔的少女相遇。                                    
                               　　在岛上结识了新伙伴——曾经想着，如果这个暑假永远不会结束就好了。

有对喜欢在世界各地飞来飞去旅行的父母和一个有流浪癖的姐姐，独自生活的二之宫峻护某天却被一对诡异的兄妹缠上，只说是“从今天开始关照了”，便被迫进行同居生活。而这两人身上有着重大的秘密。据说哥哥－月村美树彦和妹妹－月村真由，都是需要别人的精气才能活下去的特异体质。但因为峻护的姐姐－二之宫凉子和美树彦是故知的关系，完全无视峻护的意见，而开始了他们的共同生活。又因为真由有严重的男性恐惧症，为了帮助她克服这个毛病，在凉子和美树彦的无视下，峻护担当起了“护花使者”的重任。再加上峻护和真由所就读的学校的学生会长－北条丽华，他们之间的三角关系便开始发展……。

　　1989年，日本。                                    
                               　　乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。                         

冰室桂子（榊原良子 配音）是如月女子高校的理事长，一次偶然中，她遇见了一位名叫早川凉（长泽美树 配音）的女孩，凉展现出了自己杰出的棒球天赋，这一切都被桂子看在眼底。在凉的身上，桂子看到了一个非常熟悉的身影。                                                                      　　桂子执意要在学校里成立硬式棒球社，曾经在柔道社效力，想要再一次证明自己的力量的大道寺真央（近藤尚美 配音）、非常擅长软式棒球的吉本光（永泽菜教 配音）、表面看似不良少女，但内心却充满了热血的森村圣良（氷上恭子 配音）、个性傲娇的大小姐冰室泉（金月真美 配音），这些个性迥异但同样对硬式棒球充满了热情的女孩子们接二连三的加入了进来。

时为公元2202年。                                                                      　　自从宇宙战舰大和号从那场单程长达16万8000光年、通往伊斯坎达尔的壮大航海中回归以来，已经过了3年——。                                                                      　　在“宇宙恢复系统”之下取回先前蓝色样貌的地球，                                                                      　　与卡米拉斯帝国缔结了和平条约。                                                                      　　在复兴的同时，为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。                                                                      　　伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有，地球开始迈向扩军之道。                                                                      　　这真的是在无可替代的多数牺牲之后，大和所达成的真正的和平吗？                                                                      　　期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿，将大和邀往新的航海。                                                                      　　如今，席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁，正在逼近地球——。