三年之约后，萧炎终于在迦南学院见到了薰儿，此后他广交挚友并成立磐门；为继续提升实力以三上云岚宗为父复仇，他以身犯险深入天焚炼气塔吞噬陨落心炎……
故事讲述在22世纪的人类世界，一只身份来历不明的火恐龙横空降落在洛小熠等六名斗龙战士的生活城市，相继吸引了阿迪和六大守护龙前来人类世界，为了追踪火恐龙真相，阿迪与斗龙战士被不明光圈吸到另一个空间—阿莱达星基地。斗龙战士在阿莱达得知火恐龙出现人类世界的原因，为了阻止这些给人类世界带来危险的恐龙，斗龙战士肩负起维护正义和平使命，决定找回龙印。斗龙战士带着阿莱达发明的战斗拍档—宝贝龙开启维护和平及找回龙印的旅程！
龙崎、雷欧、鲁凯等一批少年，因为在逆境商、情绪智商、智力商等各方面的能力都比常人优胜，被誉为奇博少年，故事由他们的经历展开。龙崎、雷欧、鲁凯是同班同学，也是好朋友，因为一次小误会，互不相让，不欢而散。就在他们三人势如水火之际，一个巨大危机出现了。为了化解这一危机，三人合力，分别将各自的奇博能量传递给飞爵、雷凌、蓝瑟三个机械人共同对抗困难。 他们三人为了参加“全国魔方大赛”一起努力，互相扶持，克服重重困难最终在世界级的赛场上展示自己的技术，誓要以一场公平公正的比赛，争夺魔方界的最高殊荣。
