故事发生在一个名为楢崎町的小镇上，这是一个拥有着神秘魔法力量的神奇小镇，在小镇的天空中，永远都挂着一道绚丽的彩虹，而在传说中，神明会实现居住在这个小镇里的人们每人一个愿望。 天海春彦（泰勇气 配音）是从小到大都生活自镇上的青年，一天，班上来了一个名为深峰莉子（清水爱 配音）的转校生，让春彦没有想到的是，这个女孩竟然是自己的义妹，他们在年龄很小的时候分开了，想不到命运的红线令两人于此时此刻重逢。莉子的出现让春彦的青梅竹马木之坂雾乃（宫崎羽衣 配音）感到了强烈的危机感，她一直默默的喜欢着春彦。
年轻的古生物学家达里厄斯·鲍曼在加利福尼亚州的荒野中发现了活恐龙。
相泽梓（悠木碧 配音）是一名大街上随处可见的社畜，将自己全部的时间都投入到了工作中，不断的遭受压榨的她，终于在二十七岁那一年因为过劳而猝死了，当她再度睁开眼时，发现自己转生来到了异世界中。转生女神因为可怜她的遭遇，而满足了她不老不死永远十七岁的愿望，就这样，相泽以十七岁的外表开始了在普拉达村的生活。 因为生前太过于劳累，所以转世之后，相泽只打算过一过每天种田做药杀史莱姆的悠闲生活，哪知道这一晃眼就是三百年过去，相泽因为杀了三百年的史莱姆，竟然在不知不觉之中成为了LV99的世界最强勇者。名声传开后，开始有人前来挑战，其中有一位名叫莱卡（本渡枫 配音）的龙族少女。
齐木楠雄（神谷浩史 配音）是一名十六岁的高中二年级学生，从一出生开始，他便是一名全能超能力者，几乎掌握了一切叫得上名字的超能力，这表面上让人无比羡慕的特质却让齐木楠雄的生活陷入了无聊的绝望之中，因为他几乎不用付出任何的努力，便可以为所欲为。于是，齐木楠雄封印了自己的超能力，致力于做一个默默无闻的普通人。 然而，齐木楠雄的身上似乎散发着吸引怪咖的电波，笨蛋不良少年燃堂力（小野大辅 配音）、中二病末期患者海腾顺（岛崎信长 配音）、色胆包天的灵能力者鸟束零太（花江夏树 配音）、从头到脚从内到外都闪耀着完美光辉的照桥心美（芽野爱衣 配音），这些千奇百怪个性迥异的怪人们总是一次又一次的将力求平凡的齐木楠雄拖入麻烦之中。
人类居住的“物质界”和恶魔居住的“虚无界”本来是互不干涉的两个次元，但是因为恶魔出于对物质的凭依，对物质界有了干涉。于是人类之中便有了驱除恶魔的“驱魔师”存在。 魔神（撒旦）的孩子奥村燐，隐藏了自己的出身，决意成为驱魔师，前往正十字学园内部存在的驱魔师培训机构·驱魔补习班学习。在地之王袭击的时候，奥村燐魔神的私生子的事败露了。因为畏惧魔神的“蓝炎”，同伴们与奥村燐之间的距离…… 在那样的时候，学园最深部被封印了“不净王的左眼”被不明人员偷窃，奥村燐等人陷入到了无法预料的事态。
曾经，世界面临着被称为「邪龙」的邪恶存在所毁灭。 然而，一个勇者打败了邪龙，拯救了世界。 此后，已经过了将近200年的时间。 在众多的迷宫都市之一的马萨特，住着一个被称为「无能」的男人。 他叫劳斯特，职业是治愈师。 由于他的无能，劳斯特受到其他冒险者的蔑视、利用和抛弃。 他的日子就是这样日复一日的重复着。 某一天，一个少女出现在了劳斯特的面前。 她叫纳尔赛娜，职业是武道家。 纳尔赛娜对刚刚被队伍驱逐的劳斯特说： “哥哥，你愿意和我组队吗？” 如今，劳斯特和纳尔赛娜，两个人的冒险开始了。
时代的流淌逐渐泛起波澜。 乱世中，为野心而养精促锐者、企一展雄图者、为该守护之物而战斗者…… 这样，拥有不同梦想的人被命运的蚕丝牵结。 缔结成姊妹的关羽和张飞。 究竟，有何物在其前行之路上等待着呢？ “吾名为关羽。与吾一起平定此乱世吧！”
高中毕业前最后的暑假，富樫勇太（福山润 饰）和小鸟游六花（内田真礼 饰）依然过着平静的生活，只是两人的关系似乎没有更进一步的苗头。在此期间，六花的姐姐十花在意大利找到工作，遂决定举家迁往海外。而面对重度中二病患者的妹妹——连上大学都成问题的六花，作为姐姐的十花无论如何不放心将她一个人留在日本。得知要和六花分开，勇太内心充满焦灼。 担心二人的丹生谷（赤崎千夏 饰）想出个馊主意，于是这对少男少女展开了足迹遍布全日本的私奔之旅……
TVアニメ『ファイ・ブレイン 〜神のパズル』 2013年、第3シリーズ放送決定！ 「パズルタイムは終わらない！」 2013年、『ファイ・ブレイン 〜神のパズル』第3シリーズの放送が決定いたしました！ 「ファイ・ブレイン」らしい、驚きに満ちた物語をお届けすべく、鋭意制作進行中です！ 新たなカイトたちの物語にご期待ください！ 「来年まで待ちきれない！」そんな方は、 来週9月30日（日）午後5:30から放送予定の「もっと×2 神のパズル スペシャル」や、 10月7日からの第1シリーズ再放送などを見ながら、しばしお待ちいただければ幸いです。 お楽しみに!!
