“上帝，世界今天依然健健康康地疯狂着。” 就读于东京都内私立高中的高一学生护郎，既没有“希望”、“梦想”，也没有“野心”。 有一天，护郎的手机收到了奇怪的通知：你被选中了，请说出你的愿望。 在许一个愿望后真实现的护郎面前，一个神秘的女孩拉尔出现了，她对一连串的事情感到混乱的护郎宣告残酷的命运。 护郎被“伟大的意志”选中，为了实现他的愿望，他将与其他神候选人竞争 "神 "的位置，互相残杀，直到只剩下一个。
人类消失后，地球经历了漫长的岁月。 位于日本首都东京银座的「银河楼」酒店，至今仍在营业中。 工作人员是以酒店机器人八千代为中心，在各个部门工作的员工机器人们。它们一边等待老板的归来和再次迎接人类的时刻，一边在没有住客的酒店里专心致志地工作，这样的日子仿佛永无止境。 而对于这样的八千代等人，现在，小小的奇迹即将发生——
“18岁，高中的最后一年。但六花却……依然是中二病！” 在大学考试逼近的高三的春假，勇太与六花依然在一起生活，但看起来至今依然尚未缔结上级契约。就在某天，十花突然说要带六花去意大利生活：因为工作已经稳定下来，所以想要全家一起搬过去住。虽然勇太对此感到焦急，但也很同意十花“不能放着很有可能考不进大学的六花不管”的看法。再这样下去，两人的关系很有可能出现裂痕。对此感到担心的丹生谷等人，竟对勇太提出“私奔”的提案。 就这样，以日本全国为舞台，两人的逃亡剧就此展开。
「旭丘分校」只有5名学生。 虽然年纪和性格都不相同，一起赏花，一起在河边玩耍，一起挖白薯，一起挖雪洞…… 一起度过春夏秋冬，享受着田间生活。 虽然在平淡的生活中可能并未察觉，不知不觉中，一起欢笑，一起流泪，心中变得温暖起来。 这样悠哉游哉的时光再次到来。
宁静祥和的见泷原市，全靠魔法少女鹿目圆（悠木碧 配音）、美树沙耶香（喜多村英梨 配音）、巴麻美（水桥香织 配音）以及佐仓杏子（野中蓝 配音）守护，一次次击败了人类灵魂深处产生的“梦魇”，全力包围着她们最为珍惜的城市、家人和朋友。这一天，美丽女孩晓美焰（斋藤千和 配音）作为转校生来到小圆的班级，小圆她们意外发现，晓美竟然也是魔法少女中的一员。在此之后，五位魔法少女同心携手，解决了梦魇接二连三带来的危机。她们的友情笃深，相处分外融洽，但是晓美却对周遭无时不在的违和感隐隐感到不安。某天，她要求杏子和她去风见野一探究竟，然而两人大费周章，竟然怎么也无法走出见泷原。 晓美终于意识到，她和朋友们似乎被某人封在了魔女的结界中。无休止的轮回以及爱欲滋生的幻象，让少女们陷入无休止的混乱深渊……
