魔晶学院内战火重燃，暗黑势力再度来袭，魔晶少年团再度集结，他们又将面临一场更加艰巨凶险的挑战。危机面前，魔晶少年团能否再次突破重围，千瑞能否披上魔晶猎人的战袍带领大家化险为夷……
牧尘，北灵境中史无前例取得“灵路”资格的少年。本应顺利通过“灵路”的试验后进入五大院学习，却史无前例地在灵路试炼中半途被踢了出来，没有人知道原因为何，许多人因此认为他不过是侥幸得到资格。然而牧尘将用实力证明，就算没能在“灵路”中走到最后，他也能夺取五大院的入门资格。
讲述了主角一觉醒来，世界大变。熟悉的高中传授的是魔法，告诉大家要成为一名出色的魔法师。崇尚科学的世界变成了崇尚魔法，偏偏有着一样以学渣看待自己的老师，一样目光异样的同学，一样社会底层挣扎的爸爸，一样纯美却不能走路的非血缘妹妹……
『明日方舟』TV动画化发表PV（动画制作：Yostar Pictures）
