在平常人看不见的空间“护星界”中，居住着一群拥有超能力“护星之力”的“护星天使”，他们遵守着“自己的力量是用于保卫母星地球和人类”这一信条，每当地球陷入危机时，他们便挺身而出。 但在某天，护星天使用于往返“护星界”和“地上界”的工具“天之塔”被宇宙虐灭集团ウォースター破坏，护星天使因此无法前往地球。在ウォースター入侵的阴影下，地球危机一触即发…… 幸好在天之塔被破坏前，有五个年轻的护星天使偶然造访地上界。为了保卫地球，停留在地上界的五人组成了“天装战队护星者”。
故事描写了一对由于灵媒体质而被妖怪纠缠的姐妹，姐姐静流的能力是“见鬼”（看得到妖怪）而妹妹瑞生则是“凭巫”（容易被妖怪附身），而他们可以徘徊于阴阳两界。 不知怎样培育这两个孩子的家庭，决定把他们托付给乡下的祖父母。在乡村平静的生活中，两姐妹从祖父母还有村民那里学习了与妖怪以及自然共存的重要意义，还理解了过去的人们尊重鬼神、敬畏自然的想法，通过植根于乡村生活中的风俗习惯掌握了现代人早已忘记的“珍贵的东西”。
在那個蒸氣時代裡，一切都以蒸氣為動力。煙霧瀰漫的帝都，怪盜、怪人橫行肆虐。少年偵探鳴瀧乃是正義的化身，和惡勢力來對抗。另外有一個美少女護士─鈴鈴和蒸氣機械人「強力」，和鳴瀧一起展開了冒險！！
一直被贴着受欺负孩子标签的实。希望能看到她的笑容的方和杏子，在某个下雨之日的午后，尽情地与她说了话。然而，仍然看不到她真正的笑容，而她的身体状况也变得恶化，连学校也不来了。那之后过了两个月……方和杏子收到了一封不可思议的邮件。没有发件人的名字，甚至无从回信的这封邮件，传达了邻镇夏日祭典的通知——
少年は少女を守りたい。そう、思った。 魔術師〈マスター〉と英霊〈サーヴァント〉が、あらゆる願いをかなえる願望機「聖杯」をめぐり戦う――「聖杯戦争」が起きて10年、 冬木市で再び戦争が始まった。前回の「聖杯戦争」の参加者である衛宮切嗣の養子・衛宮士郎は遺志を継ぎ、戦うことを決意する。 士郎のそばには、彼を慕う少女――間桐桜がいた。彼女は毎朝、毎晩士郎の家に通うと朝食と夕食を作り、天涯孤独だった士郎と優しい日々を過ごしていた。だが「聖杯戦争」が始まると、冬木の町に流れる空気が変わった。あちこちで殺人事件が起き、不穏な空気が流れ始める。士郎は桜を自宅に泊めることを決意した。 士郎は召喚したサーヴァント・セイバーとともに、魔術師の遠坂凛と同盟を結び「聖杯戦争」に臨む。 だが、その戦いは暗躍する者たちによって大きくきしみ、歪み始めていた。
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