九重天危机后，世界又恢复了一派安宁景象。当今社会，手机、电脑等电子设备成为了人们的生活必需品，网络信号覆盖全球。有很多人沉迷其中，忽略现实生活，导致生理、心理疾病，甚至道德败坏。这成为了现代社会的顽疾，也让地球成为了黑暗势力的新目标。病毒机械兽来袭地球，散播黑晶，黑晶像蒲公英一样飘入人们的电子设备屏幕里，吸收能量后吞噬屏幕面前的人，使普通人变成黑士兵，而一些沉迷网络，或有网络恶习的人变成机械兽。
金晨曦篇主要讲述杨蔑和翠玉鸣鸾的故事，以此牵扯出圈外的另一种生物金晨曦，圈外深处并不只有黑狐娘娘。金晨曦是一种似人非人的圈外生物，有着非常强的实力，还是三少亲自动手解决的，可是并没有斩除后患。
三界皆惧的隐族尊主禾莞突袭天庭，上神南泽迎战，种玉小仙虞之瑶为保护南泽，舍命相救，与禾宛玉石俱焚之际意外重生，阴差阳错虞之瑶重生入了禾宛之体，重生后的禾宛隐之力大损，西海隐卫听昭前来帮助尊主禾宛恢复隐之力，之瑶自此被迫开启了双面女尊之路，人前佯装威严，君前娇俏可人……
青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
从一个灵气枯竭的末法时代，来到了武道昌盛的世界，诡异死亡的灵种，危机四伏的局面，让处于深渊的王昊何去何从？
