大千世界，位面交汇，万族林立，群雄荟萃，一位位来自下位面的天之至尊，在这无尽世界，演绎着令人向往的传奇，追求着那主宰之路。无尽火域，炎帝执掌，万火焚苍穹。武境之内，武祖之威，震慑乾坤。西天之殿，百战之皇，战威无可敌。北荒之丘，万墓之地，不死之主镇天地。出生于北灵境九大域之一的牧域的牧尘，自北灵境而出，骑九幽冥雀，闯向了那精彩绝伦的纷纭世界，主宰之路，谁主沉浮？
秦牧天生凡体，历经考验成为天魔教教主，被延康国封为第一任太学博士。延康国叛乱之战中秦牧引来魔神，掀起浩荡风云，后随武可汗入楼兰黄金宫，一个人打遍圣宫无敌手。他返回延康,助国师平叛、造射日神炮，后得人皇传承成为新一代人皇。机缘巧合下秦牧得知自己的身世,借助道门小玉京等人帮助，开启道法神通改革的大世。
期末考结束后，零班成员除古月外在舞长空的提议下加入了唐门。回到东海城，零班加入新成员许小言，正式成立了以唐舞麟为首的四人团队。为了即将到来的天海联盟大比，舞长空对零班学员进行恶魔特训，正式开赛后，零班一路在个人赛和团体赛披荆斩棘，但在和双胞胎对战的过程中，唐舞麟古月深受重伤，零班不得不中途退赛。蛰伏三年后，零班学员在舞长空的带领下踏上前往史莱克学员的路程。
邪恶的哈莱女王将进攻的目标对准了和平宁静的双子星，她不仅夺走了双子星上非常重要的宝物夜星宝盒，还导致那里的两位公主下落不明。焦急之中，魔仙女王找到了小蓝和游乐，将她们派往地球，赋予了她们寻找夜星宝盒的任务，与此同时，两人还要搜集失踪的两位公主的踪迹。 在地球上，小蓝和游乐遇见了美琪和美雪，四人组成搭档开始了她们的调查，让两位魔仙感到意外的是，美琪和美雪新认识的朋友贝贝，竟然就是失踪的两位公主之一，这也就意味着，另一位公主可能也就在她们的身边。救援行动刚刚起步，就屡屡遭到哈莱女王和她的爪牙的阻挠。
三界皆惧的隐族尊主禾莞突袭天庭，上神南泽迎战，种玉小仙虞之瑶为保护南泽，舍命相救，与禾宛玉石俱焚之际意外重生，阴差阳错虞之瑶重生入了禾宛之体，重生后的禾宛隐之力大损，西海隐卫听昭前来帮助尊主禾宛恢复隐之力，之瑶自此被迫开启了双面女尊之路，人前佯装威严，君前娇俏可人……
青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
水神共工为了争夺人间的主导权，与水神祝融发动了一场大战。共工撞倒了托举苍天的不周山，导致天河倾泻，洪水泛滥。共工企图用洪水控制人类。 鲧受命治水，为堵住洪水，鲧偷盗天物息壤，被天雷劈死。死后尸体化成一座大山，大山孕育了禹。禹出生后，结识了庚辰、伯益，和修行五百年的耳鼠，并救下受伤的应龙。舜将禹等带回都城，培养成才。正值洪灾加剧，舜不得已派禹等人治水。共工得知此事，率领一群妖神一路阻难。 禹经过涂山，邂逅女娇，坠入了爱河，却发现女娇中了共工手下无支祈的魔咒，即将变成石头。大禹毅然与女娇结婚。在变成石头前，女娇魔咒解除，还将开山斧交给禹。无支祈大怒，掳走禹的部下竖亥。禹救出竖亥，并将无支祈镇压在淮河。然后告别女娇，前往黄河治水。共工早已在黄河和去黄河的路上设下圈套。历经艰险与失败后，禹终于找到了治水方法——堵不如疏，破了共工的局，解决了黄河水患。正当禹要与女娇团聚时，又传来旱魃作乱、赤地千里的消息。禹打败旱魃，结果水火失衡，导致共工力量突增。共工召唤出九头蛇怪相柳进攻都城，又放出无支祈水淹涂山。是拯救天下百姓，还是去救女娇，两难之中的禹最后选择了前者，消灭了相柳。而女娇在无尽的等待中心死，变成石头。此时相柳尸体又化成毒液，即将流毒天下，禹不得不重走父亲老路，偷盗息壤，堵住了毒水。天将问罪，鲧为禹挡住天雷，粉身碎骨。禹终于回到女娇身边，悲痛万分。众人齐心协力，与共工决战，终于将其打败，天下再无水患。而禹则决定永远陪伴女娇石像，舜屡次征召要让出帝位，禹不为所动。终于某一天，女娇复生，还生下启。禹这时才接受舜的禅让，并请求天帝释放共工，令其戴罪立功，守护百姓。一个太平时代开启了。
企图占领地球的咒冥帝被打败掉进一座黑洞监狱——幽冥狱，发现了北斗星王关押着的三十六天罡星机械兽！咒冥帝便利用自己仅存的能力将机械兽逐一传送到地球夺取天罡星盘，企图利用天罡星盘帮助自己逃离黑洞。地球的守护卫士神兽战队的超人们获得了更强的星甲力量升级为神兽星甲战队，为保护地球与机械兽们展开了一场又一场的战斗！
