《新网球王子 U-17世界杯篇》 将描绘2014年推出的OVA系列《新网球王子OVA vs Genius10》的后续故事。作为美国代表的越前龙马、德国代表队的手冢国光、日本代表主将平等院凤凰三人将各自抱持着不同想法，踏入U-17世界杯的激战舞台。
“黑桐，你知道吗，杀人和杀戮是不一样的。据说，人一生只能杀一个人？” 从心底里渴望成为“特别”的存在。 这种愿望作出了错误的选择。不，应该说是被错误引导出了这种愿望。那时候，深信这是唯一的也是最好的方法。 这是4年前也就是1995年和她相遇时发生的事。 次年即1996年，她陷入了沉眠。然而，罪恶的萌芽却在不知不觉中发育成长。 然后，两年后的1998年，她苏醒了，开始镌写新的时刻。与此同时，想得到她的意图也蠢蠢欲动……在，4年后的1999年。 所有得到她的手段都本该有破绽的。可是，命运的齿轮偏离了轨道。 4年之后再度反复的恶魔杀人事件。暗夜杀人犯是潜藏在她内心深处的杀人冲动和已经无迹可寻的“织”，已经想不起来。 到底杀的是“谁”， 为此，她徘徊在深夜的街头， 为此，他为了她在黑夜里往复。 杀人和杀戮的不同，是特别和普通的差异，是戾气和正气的差别。明明重要的不是这些而是自己的存在，却被这些对错所囚禁—— 明明希望的只是重要的人可以好好活着，这理所当然的事却背负上了曾经的罪孽——
现在，全世界所有人都在使用的智能手机App。 那里潜藏着无人知晓的存在·Applimonster，通称“Appmon”。 Appmon是具备能够自主思考行动的人工智能的App生命体， 在人类世界与数码空间的间隙中，为系统及人类发挥着机能。 但，潜藏在网络之海中的“凶恶的最终BOSS人工智能·利维坦” 化作病毒控制了Appmon们，并开始黑入各个系统， 企图从网络一侧控制人类的世界。 主人公少年·新海春， 获得了被伟大的意志引导的“App驱动”， 并使来自“App芯片”的搜索App·GATCHIMON实体化了。 隐藏在“App驱动”中的谜团， 处在Appmon所潜藏的网络世界与现实世界之间的不可思议的“场”， 以及2只Appmon进化的“App合体”到底是什么？“利维坦”真正的目标究竟是……！？ 爱好读书的少年春，与搜索App的怪兽·GATCHIMON这一对凸凹组合， 奔驰于现代世界的新感觉搭档物语， 现在启动！
为了赢得真正的胜利，调查军团决定执行夺回玛利亚之墙的作战。作战内容是利用艾伦的硬质化能力将位于玛利亚之墙希干希纳区城墙上的破洞封住。而且还要查明沉睡在艾伦老家地下室的「真相」。但是，「野兽巨人」等巨人就在那里等着他们！
故事发生在圣夜学园之中，日奈森亚梦（伊藤加奈惠 配音）是就读于五年级的女生，外表看来，她沉默寡言特立独行，可实际上，那不过是亚梦害羞的表现罢了，在内心里，她亦希望能够和同学们打成一片，和睦相处。一次偶然之中，亚梦得到了心灵之蛋，从蛋中孵出的守护甜心，即是她理想中的自己。 拥有了守护甜心，亚梦被邀请进入了校园里名为“守护者”的组织之中，亚梦得知，守护者们正在寻找一颗名为守护胚的魔法蛋，只要拥有了这枚魔法蛋，便能实现任何愿望。同样在寻找着守护胚的还有名为EASTER的神秘集团，他们不择手段的依靠腐化他人的心灵来达到自己的目的。
藤原拓海（宫野真守 配音）是一名平凡的十八岁高中男生，父亲藤原文太（平田广明 配音）经营着一间豆腐店。从13岁起，每天凌晨，文太都要求拓海开着车上山给山上的店家送豆腐，实际上，文太曾是一名赛车手，利用运送易碎的豆腐，文太希望能够在潜移默化之中训练拓海的车技。 虽然拓海对赛车这项竞技并没有过多的了解，但实际上，他早已经拥有了优秀的控制和平衡能力。一次偶然中，拓海在众人面前展现了高超的车技，技惊四座，随后开始涉足赛车界，并不打不相识的结识了高桥凉介（小野大辅 配音）和高桥启介（中村悠一 配音）兄弟两，三人组成了名为Project D的车队。
在计算机宅男阿学遭到混混纠缠时，出手救了他的是隔壁班素昧平生的阿阳。脑子动得快、八面玲珑、做坏事却不懂得踩剎车的阿阳，与有着沟通障碍、计算机知识却非常丰富的阿学，两人就此结下不解之缘，成为互补的最强搭档。毕业后，两人决定白手起家创业，一起赚到能买到世界上任何想要东西的「一兆美元」！为此，他们决定挑战世界级黑客大赛SECCHAM……！
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
