阿斯嘉特大战已经过去五年，世界在金蝰蛇和“东安联”的支配下，维持着虚假而脆弱的和平。瑞为了复活赫雅重现商都，试图找到被金蝰蛇集团独吞的“圣柜线索”。然而一个与II型文明息息相关的神秘组织“黄昏使者”，早已经盯上了圣柜和瑞......
故事发生在一个架空时代。大洲末年，幽王穷兵黔武不敬天族，妖魔乱世民不聊生。 神秘少女子殇携上古先贤的血脉之力，以行商身份掩护欲寻“太煜九鼎”，暗中对抗暴政、求安定天下。热血少年临镜谷弟子韩箕，奉仙师之命协助子殇一路斩妖除魔，解救天下苍生。 然而，寻鼎之路远没有二人想的那么简单。自上古上神太季将九鼎与应龙一同封印之后，强大到能颠覆天地秩序的“太煜九鼎”早已被多方势力所觊觎。暴戾的幽王横征暴敛、狐尊一心重振狐族大业、而更有隐秘在幕后的“圣君”想要重启万仙大阵、颠覆世界。而因为狐妖怜嬉的干扰导致太煜神元崩流分散，化为九座神鼎流落四方，于是韩箕与子殇再次踏上寻找九鼎的道路。 在这个人、神、仙、魔、妖五界交织的世界中，充满了无数野心、阴谋与谜团的五界交战就此拉开帷幕。
仙乐国太子谢怜接连被贬后第三次飞升成仙，却不慎破坏了神官们的金殿，无人供奉的他只能下凡除鬼来换取功德作为补偿。在凡间的历练中，谢怜结识了两位来帮助他的小神官，并认识了诡王花城，四人一同解决了一件件诡谲的事件，并逐渐接触到了看似光鲜亮丽的仙界众神官的黯然往事。
丐姐蓝仁叵在跑商时，突然遇到了对她纠缠不休的离经花花沈繁。二人的相遇从而碰撞出了别样的火花，轻松而愉快的日常生活便围绕着二人就此展开。
特别篇动画《秦时明月之罗生堂下》是独立于动画《秦时明月》正传剧情之外的短篇番外故事。该动画讲述少司命年纪轻轻就从阴阳家弟子成为了阴阳家五大长老之一的经历。
