本季延续《西行纪》前一季剧情，讲述了唐三藏与师徒四人取得奇经交予天宫的十六年后，为了心中正义，再次集结成“西行小队”，重新踏上“还经”之路的故事。
阿斯嘉特大战已经过去五年，世界在金蝰蛇和“东安联”的支配下，维持着虚假而脆弱的和平。瑞为了复活赫雅重现商都，试图找到被金蝰蛇集团独吞的“圣柜线索”。然而一个与II型文明息息相关的神秘组织“黄昏使者”，早已经盯上了圣柜和瑞......
古药大陆，万族林立，丹师为尊；双生武脉，再现世间！醉卧美人膝，成就丹道至尊！
故事发生在一个名为魔仙堡的魔法世界之中，黑魔仙小月（周娇 饰）偷偷修炼黑魔法，还想要盗走魔仙彩石。守护魔仙小蓝（廖景萱 饰）为了追寻魔仙彩石的下落来到了人间，藏身于音乐盒中，偶遇了善良的姐妹凌美淇（孙圳 饰）和凌美雪（黄安仪 饰）。 小蓝住进了姐妹俩的家中，化身成为他们 的保姆，三人共同度过了一段充满了幸福和快乐的生活，彼此之间结下了深厚的友谊。魔仙女王（王慧 饰）特别准许小蓝教授两姐妹魔法，美淇和美雪成为了小魔仙，与此同时，小月亦在人间结识了名为严莉莉（刘美含 饰）的女孩，将她变成了小黑魔仙。在人间，一场正义和邪恶之间的战争即将拉开序幕。
汉明帝授史家后裔班超青铜燕符，让他出使西域，寻找长生之法和梦中金佛。班超探寻隐匿于京城的高手，墨家传人、盗门后人，夜郎蛊师等三十六人同行。除却完成皇帝心愿，还为了寻求史家渊源以及陷害自己父亲的凶手。
