基因石能量渐渐恢复成基因石，且显露出更强大的力量、更多不为人知的秘密。反派势必不会轻易罢休，将以更强大的姿态卷土重来。但在艰难的挑战中，普力士等人仍看到了希望：宇宙中，分散著为数不明的「变形联盟战士」，这群代表正义的首领勇士若聚集起来，将会成为一股巨流，一起勇敢地为守护地球而战！
天赋异禀的灵宠师樊凌霄，于甲级门派晋升赛上遭人暗算，被自己的灵鲲所吞噬。睁眼醒来却发现自己已化身为一名叫“流锋芒”的少年，身处白府大牢之中，其门派凌霄阁也走到了绝境。为查明灵鲲反噬真相与重振门派，樊凌霄带着现有的几只灵宠，与谷灵、程曦、月彤，一起踏上了全新的冒险之旅。
本季主要讲述了在始祖灵兽利用无尽能源替布莱克驱逐了体内的黑暗力量后，无尽能源便消失了，正当SPT 小队感到失望时，派特博士无意上发现了幻影金刚的芯片中记录着关于阿瑞斯水晶的传说… 于是战神联盟在SPT的协助下踏上了寻找阿瑞斯水晶的征途，在经历重重磨难，战神联盟终于扫平了阻碍，战胜了也想染指水晶的海盗和邪恶精灵，最终在一场公平的对决后，雷伊以实力最终赢得了阿瑞斯水晶，帮助赛尔们找回了无尽能源。
《电击小子3之四圣团》，承接第二季剧情，电击小子继续守护着家园的安宁。然而他们不但要提升自己的能力，更要穿越时空，奋力阻止时空海盗“四圣团”作恶。在此过程中，电击小子和伙伴们凭着自身努力和各种神奇武器，实力不断提升。同时小光等人也渐渐领悟到成长的真谛，面对挫折永不放弃。
风起篇主要讲述中州苗人女孩那笙初入云荒雪岭，机缘巧合下邂逅了两位云荒大陆的风云人物——苏摩和真岚，两人与白之一族郡主白璎的往事也露出了冰山一角；随后那笙又与二人一同闯过了初入云荒的三关，终于到达传说中的“桃源乡”，而关于这个世界的过去与未来也即将随着不同人物的登场展现在她面前......
