所谓的“除妖”，即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天，被妖怪附体的高中生·芦屋花绘，依靠偶然发现的联络方式，来到了专门除妖的物怪庵，在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。由于某些缘故，芦屋就这样以物怪庵奉公人的身份开始工作……安倍与芦屋的除妖组合和妖怪们的物语就此开幕。
以因异常气象导致气温突然升高，地球大部分陆地被水淹没的未来为背景。世界由World Government《世界统治机构》所管理，因气温上升环境变得严酷，因此推广以机器人和仿生人代替人类进行劳动失去了光的人们从失落中发现了新的希望——娱乐塔Babel。能够展开Crime stage的狂热之众为了追求动摇内心的感动，开始对其发起了向顶点前进的挑战而在被人们所遗忘的一间空屋中，4名没有主人的仿生人コバルト、クロム、ケイ、ネオン 同时醒来，不知道自己为何会在这里的他们，偶然的和一位少年相遇。自此之后，人类、仿生人和世界的命运开始转动。4人靠着心中未知的程式，以统领Babel的王者“STAND-ALONE”为目标，站上舞台，在狂热的娱乐塔中展开对战表演。 在激烈的娱乐大战背后，世界的秘密也即将揭开――。
1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。 11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了……
《信长的忍者～伊势·金崎篇～》是改编自漫画《信长的忍者》的第二期动画
