ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
美妙的史莱姆人生，开始了！ “由于得到了珍贵的纸，我决定将自己至今为止的经历以日记的形式记录下来。日记标题的话……就写《我转生后变成了史莱姆》。自那之后我的冒险就开始了——冒险要写的东西也长了吧？！ 描述了爱开玩笑且幽默的利姆鲁与特恩佩斯特的同伴们之间的日常故事的“史莱姆生活系”转生物语，现在开幕！
