人类居住的“物质界”和恶魔居住的“虚无界”本来是互不干涉的两个次元，但是因为恶魔出于对物质的凭依，对物质界有了干涉。于是人类之中便有了驱除恶魔的“驱魔师”存在。 魔神（撒旦）的孩子奥村燐，隐藏了自己的出身，决意成为驱魔师，前往正十字学园内部存在的驱魔师培训机构·驱魔补习班学习。在地之王袭击的时候，奥村燐魔神的私生子的事败露了。因为畏惧魔神的“蓝炎”，同伴们与奥村燐之间的距离…… 在那样的时候，学园最深部被封印了“不净王的左眼”被不明人员偷窃，奥村燐等人陷入到了无法预料的事态。
小羊咩咩在暴风雨之夜躲进了一间小屋中避雨，哪知道在屋子里遇到了一个和自己一样的避雨者，屋里一片漆黑，咩咩和这个伙伴虽然彼此看不见对方的样子，但还是开开心心的聊了一整晚，天亮之后，咩咩震惊的发现，和自己共处一室一整夜的，竟然是一只名叫加布的狼。 虽然它们一个是肉食动物，一个是草食动物，但咩咩和加布之间还是建立起了友谊，虽然狼族和羊族向来水火不容视对方为死敌，但是加布和咩咩还是抓住一切可能的机会私会。终于，两人的感情败露了，狼族和羊族都对他们展开了追杀，加布和咩咩不得不踏上逃亡的旅途。一路上，加布除了要对付不断骚扰他们的袭击者外，还要和自己嗜血的本性对抗。
神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。 在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。 出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。
