五千年前，对于修行有着无数憧憬的少年，却因体质特殊而无法突破炼体期，进入下一个修炼境界。他从远古神话时代一直修炼到了现代社会，站在繁华都市中，炼体期九万九千四百四十二层的轩辕铭。给自己定了一个小目标：先修炼到炼体期十万层！
故事发生在隋唐末年，隋文帝的次子杨广企图谋权篡位，为了避免遭到迫害，朝中重臣李渊（罗港生 配音）决定拖家带口离开京城这块是非地，返回故乡颐养天年。李渊的次子李世民（赵铭 配音）此时正陷入了同长孙无蓉（范雷颖 配音）的恋情之中，不愿意离开心爱之人的他想要留在京城，却遭到了无蓉的反对。 在返乡的途中，李世民遭到了杨广派出的杀手廖无极的袭击，手无寸铁的他命悬一线。在这个节骨眼上，偶然路过的秦琼拔刀相助，救了李世民一命，两人就此结下了不解之缘。之后，李世民还遇到了徐茂公、尉迟恭（袁国庆 配音）和程咬金（王肖兵 配音）等英雄好汉，在他们的辅佐之下，李世民能否推翻杨广的统治？
故事发生在遥远的“猪猡纪”，那是一个由猪统治地球的年代。那时，小动物们对地球上各种资源开始了无节制地开采，导致整个地球乌烟瘴气，自然环境受到严重破坏。为了保护环境，扭转地球生态恶劣的局面，“猪猪侠”克服重重困难，终于研制出了一个具有神秘力量的“魔法智慧球”，自己却陷入到三千年才可轮回转世的魔咒当中，离开了人世。 他把“魔法智慧球”交付给了当时身份是厨师的王小二，并叮嘱他一定要完成拯救地球环境的使命。然而后来王小二背信弃义，利用“魔法智慧球”开创自己的王国，对地球环境的破坏更是变本加厉，人类生存苦不堪言。
小黑怪等黑暗势力的计划屡次被星猫和他的伙伴们粉碎，黑魔王大发雷霆。为了尽快搜集更大量的精神之光来解开自己身上的封印，黑魔王焦急地授意小黑怪去破坏孕育中华民族五千年文明的河流，并一路毁坏那些跟中华文明有关的事物。同时星猫带领的宇宙警卫队察觉到黑魔王的这次阴谋，决定阻止他们的破坏行动，保卫中华文明的发祥地，维护世界的和平。正义与邪恶的较量即将展开，到底小黑怪等黑暗势力会使出怎样邪恶的手段与阴谋，我们的星猫和他的外星伙伴们又该如何面对呢。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
