宿舍管理员杨浩在末世来临后被三个学生欺负，丢出门外，又胖又弱小的他面对饥肠辘辘的丧尸，毫无生还的可能。然而濒临死亡的他却意外获得了捡属性系统！ 系统加持下，杨浩能通过击杀丧尸获得属性点，进而改造身体，升级能力，获得各种稀有武器装备。 一条通往末世王者的路在杨浩脚下展开，从今天开始命运掌握在自己手中！
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
各怀绝技的“憨八龟、白精灵、铁甲小子、宝宝熊、百丈跳”组成了“垃圾拯救队”，援救被骗至地球的费沙星球王子——星际流；为了破坏和平，地球首相井上雄命令鹰明教授不断研发“变兽特战队”一路追踪垃圾拯救队，企图抓捕星际流。垃圾拯救队为了保护星际流与“变兽特战队”展开了一次次激烈的战斗，而星际流却并不完全信任憨八龟他们。在“变兽特战队”的追捕下，憨八龟和伙伴们穿越了中国和世界各地的历史文化古迹。体现了坚不可摧的团队精神和难能可贵的正义感。
伴随着魂导科技的进步，斗罗大陆上的人类征服了海洋，又发现了两片大陆。魂兽也随着人类魂师的猎杀走向消亡，沉睡无数年的魂兽之王在星斗大森林最后的净土苏醒，它要带领仅存的族人，向人类复仇！生活在斗罗大陆上的少年唐舞麟因为武魂是蓝银草，一直被嘲笑轻视。一次意外受伤中他发现：自己身体里面有一条由18道封印封禁的金龙，守护着自己的那缕神识告诉他，如果不逐步解开封印，自己将爆体而亡……
