莫凡迁至魔都，卷入“秘密事件”的调查中。过程中，莫凡帮助唐月脱困，意外获得玫炎火种，再度觉醒双系，目标直指明珠学府。大学生活开始，召唤系迎来“斗兽大赛”的挑战。
在这一季里，超级飞侠们都升级成为了愿望守护者 。 在新的一季中，超级飞侠们将摇身一变成为勇敢的愿望守护者，他们不仅拥有酷炫的新装备，同时每个超级飞侠都拥有不同属性的能量球。 在遇到困难需要帮助时，呼叫愿望守护者，启动愿望守护者程序，超级飞侠会带着不同的能量球，启动能量球，加入愿望守护，共同解决面临的阻碍与困难。 愿望能量球可以给超级飞侠和孩子们相同的强大力量去武装来完成伟大的事情，每个愿望能量球蕴含来自于我们身边的自然世界中不同的超强能量，它们是旋风、水波、大地、钢铁、动物、闪电、火焰等能量。 愿望守护者的任务是为小朋友们排忧解难帮助小朋友们实现他们的美好愿望。
适龄启蒙，亲子共跳。身体是宝宝的第一语言，《超级宝贝JOJO》第二季以适合1-3岁孩子成长生活的律动舞蹈、亲子游戏扮演等体能活动促进肢体、感觉综合发展。培养孩子的肢体协调、模仿与表达力。帮助宝宝健康律动与世界探索，并为家庭游戏提供参考，鼓励家长一起参与让孩子的世界更健康、有爱和宽广。
主人公逸徇受父命前往上石郡，意欲收复政权，铲除清理当地掌权机关“玄天司”首领——葛覃。不料方到上石郡逸徇却倍受到冷遇，葛覃尽显地头蛇风范，逸徇第一战出师不利。恰逢此时少女十一月前来行刺葛覃。逸徇顺势借此事件还以玄天司众部颜色，宣告自己的主权。但十一月行刺未果遇险，逸徇好意救下十一月，不料却反被十一月绑至小树林。二人暗中交谈，逸徇从十一月口中了解到古族的往事，意识到可以利用古族之力与玄天司对抗，于是替十一月解毒，打算招募她为自己所用。不料玄天司黍离带领追兵包围小树林，二人陷入险境，葛覃也于此时现身。葛覃强行要带走十一月，不惜与逸徇爆发冲突，两伙人在树林大战。战斗中逸徇无意间触发自己古族的血脉，复刻了十一月的图腾，并且借助其灵力，带领重伤的十一月一起脱逃。逸徇在十一月的带领下前往古族圣地，从中了解了古族的历史，也确定了自己的古族身份。但二人无意间惊动镇守圣地的神兽应龙，为救十一月逸徇再次复刻图腾，激活自己体内的古族血脉。两人刚刚脱逃，便遇到了外出采药的少女楚茨。逸徇带着二人重返上石郡，在北城门处设计摆了葛覃一道，将十一月神不知鬼不觉带入了城中。逸徇入住郡守府，楚茨身份揭晓，竟然也是古族。但十一月伤势未愈，为了医治十一月，楚茨与逸徇打算一同进山寻药。彼此陌生的逸徇与楚茨二人在采药过程中相互猜忌，不幸遭遇了野熊决明。决明在看见血液后暴走，他的背后似乎有关于玄天司的秘密。于是逸徇、楚茨合力制服决明，取得草药下山回府。逸徇也终于下定决心与古族联手合力对抗玄天司，却遭到贴身护卫弈的反对，弈甚至暗中派人毁掉草药。所幸楚茨利用灵力救活草药，十一月才得救苏醒。而葛覃通过跟踪逸徇，得知了决明的下落。原来决明是玄天司研究的变异古族，于是葛覃秘密派出其他变异古族去抓捕决明...
