沉没多年古船离奇现世，男孩馒头意外闯入，却发现船上聚集着诸多亡魂……一场大雨过后，“蝼蚁”重生，命运会有改变吗？
少年秦阳资质斐然，拥有令人艳羡的修炼神器“星门”，奈何这份幸运却在一夕间被人夺走。濒死时，秦阳体内尘封至宝“封神珠”开启，自此恢复前九世记忆，获得新生。同时，家族陷入前所未有的危机，面对重重考验，秦阳独当一面，凭借前九世积攒的经验和阅历，一次次突破困境。岂料，阴谋家们依然步步紧逼，为了守护珍视之人，秦阳选择抗争到底。
龙崎、雷欧、鲁凯等一批少年，因为在逆境商、情绪智商、智力商等各方面的能力都比常人优胜，被誉为奇博少年，故事由他们的经历展开。龙崎、雷欧、鲁凯是同班同学，也是好朋友，因为一次小误会，互不相让，不欢而散。就在他们三人势如水火之际，一个巨大危机出现了。为了化解这一危机，三人合力，分别将各自的奇博能量传递给飞爵、雷凌、蓝瑟三个机械人共同对抗困难。 他们三人为了参加“全国魔方大赛”一起努力，互相扶持，克服重重困难最终在世界级的赛场上展示自己的技术，誓要以一场公平公正的比赛，争夺魔方界的最高殊荣。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
在这一季里，超级飞侠们都升级成为了愿望守护者 。 在新的一季中，超级飞侠们将摇身一变成为勇敢的愿望守护者，他们不仅拥有酷炫的新装备，同时每个超级飞侠都拥有不同属性的能量球。 在遇到困难需要帮助时，呼叫愿望守护者，启动愿望守护者程序，超级飞侠会带着不同的能量球，启动能量球，加入愿望守护，共同解决面临的阻碍与困难。 愿望能量球可以给超级飞侠和孩子们相同的强大力量去武装来完成伟大的事情，每个愿望能量球蕴含来自于我们身边的自然世界中不同的超强能量，它们是旋风、水波、大地、钢铁、动物、闪电、火焰等能量。 愿望守护者的任务是为小朋友们排忧解难帮助小朋友们实现他们的美好愿望。
