三年之约后，萧炎终于在迦南学院见到了薰儿，此后他广交挚友并成立磐门；为继续提升实力以三上云岚宗为父复仇，他以身犯险深入天焚炼气塔吞噬陨落心炎……
为了打倒那个害他家破人亡的叔叔，少年玄天踏上了剑道的修行。从懵懂少年到一代剑神，曾经认为的强者现在已如微尘。一指诛神皆寂灭，我以我剑逆苍穹！而他的征途，便是那无尽的苍穹！
在远离尘世的海上，有一座美丽奇异的小岛。这座岛上，没有正义邪恶的划分，没有惊心动魄的大战。岛上住着的，是一群时而互帮互助，时而又打打闹闹的市井小民，但是这里的每一个人都有一段传奇的过去。这里便是二次元界的桃花源，美影大家庭居住的地方。
数学荒岛历险记3是《荒岛历险记》数学系列的第三部作品，是一部凝合了数学科普教育与少年励志为创作主题的动画连续剧。故事承接了第一部和第二部的剧情。讲述了博士只做了3分钟“世界之王”，就立马被打回原形了。原来愿望之码一旦被激活，便可掌控自己的意愿，它告诉大家，要想获得真正的愿望，必须要比赛答题。答对1道数学题，可以实现1个3分钟的愿望，答对8道数学题，可以实现1个永久愿望。 由此，博士和罗克双方才开始真正的较量。国王、花花、依依、小强等荒岛伙伴能适应地球的新生活吗？罗克和UBIQ又会如何迎接新挑战，解除荒岛危机呢？而博士也拉拢了一个新帮手，博士经典的愚蠢阴谋功力会不会大增呢？摆脱各方控制的愿望之码，又将会有怎样令人称奇的表现？新危机，新挑战，新故事，一场全新的数学较量马上就要展开了。
