《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
猪猪侠、阿五重返恐龙星，意外唤醒机器人阿七，从而恢复了阿五真正的虎星人身份。 猪猪侠因为担心阿五，陪着他一起完成试炼任务。为此，他们不仅要齐心协力走出恐龙世界的蛮荒环境，到达勋章所在地；还要突破重重关卡，取得试炼徽章。
泡泡（伍凤春 配音）是一条十分平凡的小鲤鱼，某日，它的家乡鲤鱼湖遭到邪恶的赖皮蛇（贾小军 配音）的祸害，无奈之下，泡泡只能背井离乡，过起了颠沛流离的生活。泡泡得知，唯有借助龙的力量才能够打倒赖皮蛇，于是踏上了寻找龙鳞的旅途。 沉默寡言稳重可靠的阿酷（李金艳 配音）、歌声优美动听但身体孱弱的小美美（陈红 配音）、耳根软，丝毫没有主见的双面龟（张云龙 配音），泡泡一路上结识了这些性格迥异但都同样善良的伙伴们，彼此成为了最坚持和稳定的依靠，众鱼在历尽艰险受尽迫害的过程里建立了深厚的感情，亦磨练了意志。最终，泡泡成功的找回了散落各处的五片龙鳞，来到了赖皮蛇的面前。
以霍雨浩为首的唐门代表团，在明都参加的全大陆高级魂师大赛到了尾声。日月帝国太子徐天然为了一统大陆的野心，事先在各国参赛队伍的归途中设下埋伏。霍雨浩等人潜入日月帝国的地下仓库，使徐天然多年的筹备付之一炬。随后，霍雨浩一众在躲避日月帝国的追捕时不慎进入乾坤问情谷，开始面临真情考验。
