故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
王胜于现代世界醒来，曾与之相伴的人依稀仍在左右，这究竟是一场梦，还是另一场天大的阴谋？
故事以凹凸学园的初中部与高中部为舞台，描写围绕着刚升入高一的新生——金与他身边的同学之间，轻松有趣的搞笑向日常生活。 凹凸学园里有着形形色色性格各异、古怪却也不失可爱的学生，而本作采用平行式的单元小故事讲述，用萌系Q版人物、声优的诙谐演出及别具一格的画面效果，将最轻松真实的学园生活展现给观众。
超星特工们为了阻止星盗首领雷帝斯抢夺大卡手上的超星萌宠哆哆，回到了十年前的空星域展开对决，雷帝斯将超星特工甩掉之后就消失了。既然无法抓住雷帝斯，唯有从大卡入手，而要接触大卡就必须重新考取驾照参加比赛。于是，超星特工开始了一边赛车一边执行任务的终结篇章。超星特工们团结一致，迎难而上，战胜一个个奇奇怪怪的赛车对手，捣毁雷帝斯布下的各种阴谋诡计，最后成功捣毁星盗集团，完成拯救超星宠萌的任务。
以霍雨浩为首的唐门代表团，在明都参加的全大陆高级魂师大赛到了尾声。日月帝国太子徐天然为了一统大陆的野心，事先在各国参赛队伍的归途中设下埋伏。霍雨浩等人潜入日月帝国的地下仓库，使徐天然多年的筹备付之一炬。随后，霍雨浩一众在躲避日月帝国的追捕时不慎进入乾坤问情谷，开始面临真情考验。
