相田爱在老师的信赖下，成为了大贝第一中学学生会会长。在一次社会科的户外活动，她和同学来到地标建筑四叶塔（Clover Tower）参观，一路上忙着照顾众人。就在她终于可以停下来，期待展望台的景色时，巨大的怪物“自我中”突然出现，引起了庞大的混乱。不甘旁人被伤害的相田，遇上了扑克牌王国的精灵夏露露，倚靠不可思议的饰物能量，变身成为光之美少女－－心天使。随后其青梅竹马六花和小学玩伴有栖亦加入光之美少女的行列，誓要一同要把失去“爱”的怪物彻底净化。
思春期症候群——这是一种只发生在易敏感和不稳定的青春期的、不可思议的现象。 例如，在梓川咲太面前出现的野生兔女郎。 她的真实身份是高中高年级学生，明星活动休止的女演员樱岛麻衣。她迷人的身姿，不知为何在周围的人眼里看不出来。 咲太决定解开这一谜题。在于麻衣一起度过的时间里，咲太知道了她秘密的想法…… 女主人公们一个接一个地出现在咲太的周围，她们都有着“青春期症候群”。在天空和大海都很闪耀的小镇上，开始了令人激动的故事。
与愿望的实现相反，不为人知的持续战斗的魔法少女们。但是环彩羽却忘记了自己的愿望。 “当我成为魔法少女时，我许了什么愿望？” 在日常生活中突然出现空洞。那些已经失去的重要的东西。毫无理由持续战斗的每天…… 从那时起，有传言在魔法少女们之间纷传。 “如果去神滨，魔法少女就会被拯救” 神滨市是魔法少女和传言聚集的城市。为了寻求失去的愿望，环彩羽的故事开始了——
全世界被产业革命的波澜推动，自近世变迁至近代之时，不死的怪物突然出现。被钢铁的皮膜包覆，只要心脏不被破坏就不会消灭，被它啃咬的人似乎也会在死过一次之后复生，并开始袭击人类。之后被称为卡巴内的这些怪物爆发性地增殖，并覆盖了全世界。 远东岛国日本的人们，为了对抗卡巴内的威胁而在各地建造名为“驿”的城寨，并困守在其中，想方设法残存下去。能够在驿之间来往的只有装甲蒸汽机车（通称骏城），驿之间通过各自生产物的融通，总算是保证了生活。 住在以炼铁和蒸汽机的生产为业的显金驿的蒸汽锻冶少年，生驹。他为了打倒卡巴内，开发出独自的武器“贯筒”，同时期盼着有朝一日能够发挥出自己的力量。 某天，穿越前线的骏城之一甲铁城来到了显金驿。为了车辆的清扫整备而被召唤的生驹，目击到了从义务性的卡巴内检阅中被免除的不可思议少女。 当晚，生驹与自称为无名的那位白天的少女再会，此时骏城突然暴走并突入了显金驿。乘务员全灭，而且全部变成了卡巴内！ 卡巴内从显金驿中溢出。如同要从被恐慌袭击的人浪中逆行一般，生驹奔跑着。这一次不能逃避，我要，我要用贯筒打倒卡巴内！ ——于是，为了成为真正能闪耀光辉的男人，生驹的战斗开始了。
