《神经豆》讲述了一个关于一颗豆子“修道成仙”之路的故事。在神经与神仙只有一念之差的“豆界”里，一颗本可以得道成仙的豆子被世俗之人当成了神经病，关进了神经病院治疗，于是便成为了一颗不折不扣的神经豆。在这个众豆皆疯的神经病院里，“老顽童”神经豆不忘初心坚持修道，但在院长和护士看来，神经豆只不过是神经病的典范。在院方“治疗”与神经豆“弃疗”的斗争中，短片上演了一幕幕啼笑皆非、神经兮兮的故事。
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
