虽然我是注定没落的贵族，闲来无事只好来深究魔法

　　面对即将展开的崭新的高中生活，个性活泼开朗的元气少女保登心爱（佐仓绫音 配音）心中充满了憧憬与喜悦，新的城市，新的环境，会有怎样有趣的故事在这里发生呢？
　　一路寻找寄宿家庭的心爱不小心迷了路，误打误撞之中，她来到了一间名为“Rabbit House”的可爱咖啡馆之中，在这里，心爱结识了名叫香风智乃（水濑祈 配音）的神秘少女，这位面无表情态度相当冷淡的少女之后将成为心爱生命中十分重要的存在。原来，这间咖啡馆正是心爱正在寻找的寄宿地，在这里，她将以半工半读的形式度过她的高中三年，在此过程中，心爱渐渐发现了智乃不为人知的一面，亦开始了解这间咖啡屋的前世今生。

      2010年11月β世界线——       主人公冈部伦太郎跨越无数的苦难与悲哀，终究还是放弃拯救“她”的世界线。       跌落失意谷底的冈部伦太郎。担心着他的同伴们。       没能得到拯救的“她”将会变得如何？       迎来新的角色，描绘而成的“零”之物语。

　　为了寻找外公乔瑟夫的私生子，空条承太郎（小野大辅 配音）来到了杜王町，名为东方仗助（小野友树 配音）的高中一年级男生正是空条承太郎要寻找的人，让承太郎没有想到的是，东方仗助拥有着和自己一样的“替身”能力。
　　身材矮小但拥有强大意志力的广濑康一（梶裕贵 配音），大脑一根筋但对待朋友忠诚不二的虹村亿泰（高木涉 配音），自大而又偏执的人气漫画家岸边露伴（樱井孝宏 配音），围绕在东方仗助身边的，是这些有趣而又强大的朋友和队友们，与此同时，越来越多的替身使者亦接连浮出水面。当罪恶的魔爪伸向杜王町之时，东方仗助愿意以自己的生命为代价，保护这片他热爱的土地。

　　男高中生比企谷八幡（江口拓也 配音）性格别扭，孤僻乖张，既交不上朋友，也不敢跟女生说话。老师布置了“回顾高中生活”的作业，他却通篇愤世嫉俗之言，最后还发出了“给我爆炸吧”的诅咒。老师因此强行将他带去了只有一个部员的“侍奉部”，希望可以改变他的性格。这个社团的活动，就是拥有者将以慈悲之心施予贫乏者，简单地说，就是侍奉部里的志愿者向有困难的人伸出援手。侍奉部部长就是校内无人不晓的雪之下雪乃（早见沙织 配音），她头脑聪明，长相可爱，却为人高傲。雪之下要纠正比企谷的问题，而他却表示不必。因此老师提议他们决一胜负，赢的人就可以随意命令输的人。
　　比企谷与雪之下接触之后，发现女神级别的她也有自己的烦恼，两人似乎有相似之处。想提出交朋友要求的比企谷，被高贵冷艳的雪之下一口回绝。这对男女真的能在侍奉部里谱写出恋爱物语吗，还是注定只是一个错误的青春喜剧？

　　奥尔法兽事件过后，随着时间流逝，御台场地区也渐渐复兴著。
　　“回到日本之后，我就决定一定要去大大的澡堂泡澡！”因为美美这句话，加上为了欢迎新加入的伙伴芽心和缅因猫兽，大家前往附近的温泉主题公园。虽然度过了一段开心的时光，但是这儿并没有阿丈的身影。
　　面对高考临近的事实，他在高考和“被选召的孩子们”的使命之间产生了烦恼。“为什么又必须是我们去面对啊？”
　　这个时候，在御台场再度出现了感染的数码宝贝、这是拥有着高傲灵魂的奥加兽。而看着电视中奥加兽的暴走，美美和巴鲁兽决定出击。“必须要让人们知道，也有好的数码宝贝！”
　　然而，美美和巴鲁兽无视光子郎而参与的战斗，却造成了意想不到的结果。各自怀揣烦恼的阿丈与美美。在月岛综合高中文化祭当天，一个男人出现在了他们面前。
　　如今，冒险再度进化……

　　《明日方舟》衍生迷你剧《鲤氏侦探事务所》