故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
长久以来，精灵国一直守护着关乎人类存亡的生命之源宝石。可是，邪恶的黑暗精灵觊觎宝石拥有的强大力量，他们召唤了可怕的恶魔，占领了精灵国，就在宝石即将落入贼手之际，勇敢顽强的精灵王子卡卡（褚珺 配音）带着宝石，在精灵国公主诺娅（褚珺 配音）的帮助之下来到人间，并在误打误撞之中认识了文具国王查理（成龙 配音）和玩具领袖凯达（李咏 配音）。 查理带领的文具和王国于凯达领导的玩具军团之间常常产生激烈的矛盾，但他们的愿望是一样的，那就是希望他们的小主人能够健康快乐的长大。卡卡的到来让查理和凯达肩负起了拯救地球保卫和平的艰巨任务。
秦羽飞升进入仙魔妖界，因机缘遇见了柳寒舒，在他身上看到了之前的自己，决定收他为徒教他保护自己的方法，但因为宝物星图与柳家和玉剑宗结下梁子，最终以柳寒舒的死亡拉开序幕，秦羽走上与强大对手的对抗之路，努力刻苦修炼，让自己变得更加强大，坚持自己中心的正义之道，也想守护自己在乎的人。三兄弟飞升别离，为寻好兄弟，秦羽踏上了漫漫长路，究竟小黑与侯费在何处，他们能否再次重逢。
世界会变成什么样？灵犀阁最后一位阁主到底是谁？被释放的火领主会做什么？灵犀阁会怎么样？女王和黎灰会得到灵犀之力吗？店长辛灵会回来吗？
年仅七岁却超速生长的短命神童时江，为恢复正常生活，带着寄宿体内的某位大神仙闯入仙界
萧炎为唤醒老师药老，来到帝都参加炼药师大会，却因过人实力而被意图不轨的敌人暗算。危急关头，萧炎力挽狂澜成功夺冠，维护了加玛帝国荣誉。解开心结的萧炎，迎接即将到来的三年之约……
