门派废徒叶辰，被赶出宗门，无以为家，机缘巧合之下偶得真火，再踏仙武之路。 这是一个神魔仙佛并立的世界，这是一个诸天万域混乱的年代，叶辰的逆天征途，由此开始，历经磨难和轮回，最终问鼎大道巅峰。
皮皮鲁抢走了缩小芯片，带舒克贝塔回家。为躲避捕鼠队，三人从皮皮鲁家逃至交易市场。捕鼠队继续追击到这里。朋友加西和琪琪等布置了防御措施，与强大的机械狗、无人机对抗，老鼠科学家也来抢夺芯片。 危急关头，皮皮鲁选择缩小加西、方猎猎等，大家共同商议如何对付白客公司。同时，白客公司开始转移实验室。舒克贝塔琪琪等开着飞机坦克和摩托车与白客公司交战，夺回了实验室。但恢复芯片却落入白客手中。皮皮鲁改造升级了装备帮助大家潜入。 舒克贝塔终于找到恢复芯片，却不幸被捕鼠队长抓住，在监狱见到了旧敌白路。原来他因放电功能被抓来做实验。
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
紫川秀11岁率领远东军校800学员大破当时流风家族族长流风西山于帝都城下，拯救紫川家族，但随后被当时的家族总统领杨明华解除兵权，发配到远东前线作战，效力于远东统领哥应星大人麾下。
刚上岗的散仙纪燃（男一），为了业绩学人家打怪刚正面结果把自己刚成了一只狗子？元丹尽碎法力全失，这还不算完，每隔一段时间就换一个物种变是有毒吗？今天狗子明天野鸡，从此在不是人的道路上越走越远。啊，今天也没变成人…饲主星野（男二）：说出来你可能不信，我养过一整个动物园。
