汉朝末年，董卓挟天子以令诸侯，战神吕布为其征讨，四方群雄并起。而大势决断，竟尽出一家之手，水镜门下八奇，谋冠天下。就在此时，一个神秘的刺客跟随他的商家主人悄然走进这个时代，牵出群英纷争，乱世无常……
神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
紫殿学院校长皇尚跟亲生女儿甜丝丝失散多年，日夕思念，终在机缘巧合下重遇丝丝，皇尚大为安慰。久别重逢，皇尚对丝丝宠爱有加，事事以丝丝的喜好为大前提。丝丝可爱聪颖，活泼天真，惟自小缺乏严父的督促，加上于低下层的生活环境影响下，沾染了不少恶习，有欠淑女的风范。皇尚身为城中名校的校长，为不少家长栽培出色的子女，皇尚也决心把丝丝重新教导成一个品学兼优、高贵优雅的淑女。 丝丝天性好玩，而且早已习惯自由自在的生活，于必须规行矩步的校园中做出不少捣蛋惹笑的行为，为严肃的校园带来了新气象。丝丝在学校认识了几位好友心柔柔、华伦和武状元，好友们的性格各有特色，亦各有长短，四个小孩走在一起，一同学习，一同经历，为平淡的校园生活加添了不少欢笑。
一群来自上海市的孩子们到美丽的新疆参加暑期夏令营，被一个疯癫男子运用降魔圈带入到神奇的魔兽时代，原来，在未来的2090年，地球将会被魔兽统治，要想改变这一结局，疯癫男子必须在现在的时间里找到能够打败魔兽的圣使，而这个圣使就在这群孩子里。童未未就是那个圣使。这群孩子们和当地的孩子们一起，穿梭于时空中，和不同年代不同地点的人们沟通接触，在野人部落里救治了患病的小孩，在神奇的楼兰打败了凶猛的魔兽，通过一次次魔蛋的战斗，收复魔兽，运用智慧和魔兽使者周旋，最终，魔界使者告诉孩子们，毁灭地球的不是魔兽，而是人类的自私和贪欲，地球能源消耗过度，人类好战和自相残杀，只有人类找到人类最纯真的爱的力量。
