小学生小宝家里突然来了个名叫小糊涂神的不速之客。小糊涂神今年三岁半，脑袋经常抽风，曾经迷路八百多次，是个不折不扣的小糊涂蛋。他住在小宝的转笔刀里，经常连自己的名字都记不清楚。只要念动“金糊涂银糊涂”的咒语他的他爸爸老糊涂和爷爷老老糊涂就会出来救他，可是爸爸跟爷爷往往比小糊涂神更糊涂。一次意外，小糊涂神放跑了葫芦里的死对头大魔包，从此小宝和小糊涂神的生活就麻烦不断。
拥有着7000年历史的萨格大陆继续风起云涌。立志要做最伟大魔晶猎人的小裁缝千瑞，在魔晶学院不断卷入阴谋的漩涡。一步步接近真相的代价竟然是要牺牲自己无比信任的朋友和恩师！徘徊在绝望中的千瑞和他的伙伴们到底该何去何从。
皮皮鲁抢走了缩小芯片，带舒克贝塔回家。为躲避捕鼠队，三人从皮皮鲁家逃至交易市场。捕鼠队继续追击到这里。朋友加西和琪琪等布置了防御措施，与强大的机械狗、无人机对抗，老鼠科学家也来抢夺芯片。 危急关头，皮皮鲁选择缩小加西、方猎猎等，大家共同商议如何对付白客公司。同时，白客公司开始转移实验室。舒克贝塔琪琪等开着飞机坦克和摩托车与白客公司交战，夺回了实验室。但恢复芯片却落入白客手中。皮皮鲁改造升级了装备帮助大家潜入。 舒克贝塔终于找到恢复芯片，却不幸被捕鼠队长抓住，在监狱见到了旧敌白路。原来他因放电功能被抓来做实验。
《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
