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男主角王小修，是个普通的大学生，他暗恋同学沈瑶却不敢表白，意外得知女神对自己的好感后，被坏人盯上，然而当自己在桥上面对胁迫时，反击并沉入河水，意外获得宇宙终极系统...
200年前，超元世界的人类和来自其他世界的怪兽发生了战争。为了对抗强大的怪兽，人类发明了超元卡装置，将怪兽封印在超元卡中，结束了战争。 主人公云天曾是一位热爱超元卡比赛的少年，但是体质特殊的他无法控制好超元卡中的怪兽能量。 一天，他意外从爸爸发掘的古遗迹中获得了一个神奇的卡盒。 云天决定前往寻找4张传说超元卡，希望用向超元卡许愿的方式找回哥哥。就这样，云天告别了父母，踏上旅程。
女娲大神为了造福苍生而创造的神兵兽，在新一辑故事中再次面临挑战！黑暗势力元始天魔千方百计将神兵小将和神兽引领到神秘岛国——「山外山」；天魔希望利用神兵小将的纯洁和正义，获得「山外山」五大守护圣兽的信任，将其圣洁的力量交予问天和天晶兽；然后再指使大坏蛋——无敌盟主看准时机，从他们身上夺取圣兽的力量以解除封印，美丽的宇宙随即陷入被毁灭的恐慌之中。 在「山外山」旅程后，「神兽之乡」的旅程又拉开帷幕。问天等人来到神兽学校修炼，居然卷入了一场布偶战争之中——布偶王子想让所有神兽变成木偶！可是经过详细的调查，发现外表邪恶来自于布偶乐园的布偶王子，竟是宽容与纯真的兄弟！幕后主使的坏蛋三兄弟和盖世太保（把宽容等人的三兄弟分散的邪恶神兽）在布偶王子背叛他们后趁机绑架布偶王子！他们一行人又怎么克服此次困难呢？
