唐朝末年，天下大乱，藩镇割据，群雄并起。 据说黄巢叛军攻陷长安之前，官府中的神秘组织不良人，曾经执行过最后一次任务，然后便消失不见了，几乎与他们同时消失的，还有叛军搜遍长安也未曾找到的国库宝藏，自此以后，江湖上便传出一条谣言，在传说中的龙泉剑上，隐藏着一个天大的秘密。 直到有一天，一个名叫李星云的神秘孤儿，机缘巧合下被隐士阳叔子所救，并拜在其门下学武，数年之后，李星云与师妹陆林轩下山历练，途中结识了姬如雪和张子凡两个好友，后来又偶然得到了传说中的龙泉剑。 这样一来，李星云和龙泉剑引起了包括玄冥教、通文馆、幻音坊和天师府等诸多门派的觊觎，他们动着各种各样的心思，或巧取豪夺，或通缉追杀，各种手段招数无所不用其极，甚至连消失已久的不良人也有重出江湖的迹象。 李星云这个身世成谜的少年，就这样和他的朋友们周旋于险恶的江湖之中，为了求得一条生存之道而努力挣扎着。
击败终极歼灭者后，海阳博士为帮助众人返回现世空间而启动聚核基因石，却不慎引起能量爆炸。爆炸的基因石碎片进入了不同的空间缝隙，引起空间缝隙能量失衡，导致大量时空异常现象出现。为避免时空交错，引发空间混乱，海澄与变形联盟四位成员开始寻找并修复出现的空间缝隙。而另一边，浩肯星一方也派出精锐部队来到地球，旨在抢夺基因石碎片能量，消灭变形联盟。面对修复空间缝隙的艰巨任务，面对来自浩肯星的新的敌人和威胁，海澄和变形联盟成员毫不退缩，全力以赴。他们凭着过人的机智，同伴间的信赖，以及面对强敌的勇敢无惧，粉碎了敌人的一系列行动计划，击倒了强大的对手，最终守护了时空的平衡与地球的和平
古神之地后，修魔内海永夜魔城一夜崛起，为拓展领地，不断对修魔海周边宗门下手，其中也包括了李慕婉所在云天宗。李慕婉在护门大战中身中奇毒，性命攸关，王林得知此事后，携其再次闯入修魔内海，王林以化神初期修为力战三大城主，名震修魔内海，带回解药救下李幕婉，却发现危机并未解决，千年阴谋浮出水面。最终凭借二人情愫及化神后首次与古神之身合体，联手斩灭魔尊。
