《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
世界会变成什么样？灵犀阁最后一位阁主到底是谁？被释放的火领主会做什么？灵犀阁会怎么样？女王和黎灰会得到灵犀之力吗？店长辛灵会回来吗？
正值唐朝盛世，女主武则天剿灭异己，执掌天下，巍巍乾坤一派前所未有的气象。时有秀才，名唤唐敖，虽才高八斗，考取探花，但因和叛军徐敬业、骆宾王等人多有瓜葛而被薅夺功名。从此宦途黯淡，性命堪忧。万般无奈之际，唐敖随大舅哥林之洋出海，远赴南洋诸国游历，排遣心中郁结。这一路他们经历了千奇百怪的国家和乡土风情，如传说中的精卫鸟，凡事必将好处让给他人的君子国，长着两张脸的两面国，以及翼民国、鬼国、歧舌国、小人国等怪异国家。莫道胡言乱语，怪力乱神，世间万象也大抵如此…… 本片根据中国古典名著《镜花缘》（清•李汝珍著）改编。
带着上一世满级盗贼的记忆，回到三年前，这是命运给凌策的考验还是赏赐？既然重生，那上一世未曾达到的、不能守护的、那些只能幻想的，这一世他在游戏中以巅峰造极之态，摧枯拉朽之势，超越极限越级暴击Boss，成为最强“觉醒者”。
故事依旧围绕斗龙战士的冒险、友爱、热血的战斗精神展开叙述，通过宝贝龙拍档和原始恐龙之间的经历和磨炼，以及斗龙战士之间的情感变化，多角度的弘扬斗龙精神，让孩子们体会成长中遇到的挫折和变化，让人类向原始恐龙学习来自原始恐龙世界的美德，共同为创建人类更美好的未来而努力。
