为了解救贫穷的村子而与两位同伴一起来到帝都打拼的少年剑士——塔兹米，在抵达帝都的第一天就被骗光了钱，幸好被“好心”的富家大小姐——艾莉亚收留回家。隔天晚上便遭到帝都最凶恶的杀手集团——Night Raid的袭击，塔兹米在下决心保护艾莉亚的时候，却发现了帝都的真相...... 就如同人会腐朽一样，国家总有一天也会走向毁灭，就连千年繁荣的帝都，也不过只是个腐败的人间地狱，披着人皮的魑魅魍魉，嚣张跋扈的四处横行——天若无能制裁邪恶，我等将会于黑暗之中给予消逝—— 我等全员，职业杀手团——
“听啊，是正义崩坏的声音。” 伪装潜入龙神守望者组织的战斗员D，他是否能成功完成任务？
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
某日，一群使用风遁之术的空忍空袭火之国，无数民众和忍者遇害，形势危急。据纲手大人所言，这群不速之客正是在第二次忍者大战中落败的空之团，如今他们怀着复仇之心再次出现。卡卡西（井上和彦 配音）等人则负责侦查空之团的老巢，鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）、雏田（水樹奈々 配音）受命组成三人医疗小队，协助名医神农（石塚運昇 配音）前往其徒弟雨琉的家乡医治伤者。另一方面，病入膏肓的大蛇丸得知神农的再生之术业已完成，他命佐助（杉山纪彰 配音）前去寻找神农。这也促成佐助和昔日伙伴宿命的重逢…… 本片为《火影忍者》第五部剧场版动画。
