过去，在被称作冬木的城市曾举行过由七位魔术师与英灵参加的“圣杯战争”。 然而趁着第二次世界大战的混乱，“某位魔术师”强行夺走了圣杯—— 数十年过去，千界树一族高举那个圣杯为象征，叛离了魔术协会，宣布独立。 愤怒的魔术协会派遣了刺客，但他们却遭到了召唤出的Servant的反击。 ——对抗Servant的是Servant。 ——“圣杯战争”的系统被变更，前所未有的七对七规模的战争爆发了。 因此，以罗马尼亚的图利法斯为舞台，空前绝后的规模的战争——“圣杯大战”拉开了帷幕。
中学時代“⽯”と呼ばれていた⽯森⽻花は、⾃分を変えるため、⾃由な校⾵の⼋美津⾼校に⼊学した。 同じクラスで隣の席になったのは、レモン⾊の髪をした、 クールで⾃由奔放な「レモンソーダ男⼦」の三浦界。 実は⽻花は中学時代に⼀度だけ界に会い、そのひと⾔をきっかけに⾼校を決めた。 ⽻花にとっては、⼈気者の界は遠い存在。 そんな界が、なぜか⽻花の世話を焼くようになる。 界が背中を押してくれることで、少しずつクラスに溶け込んでいく⽻花だったが・・・。 ⽻花の世界はどんどん、界の存在によって変わっていく―――。 果てなく広がる 光の真ん中に 今、私はいる
坂井悠二的高中生活刚刚开始，本将一直持续的平凡生活却因为一次偶然而发生了剧变。 回家途中，商店街的时空突然停止，这封闭空间中所有人的灵魂都被魔物吸去。而手持日本刀与魔物战斗的灼眼红发美少女，告诉了悠二惊人的真相“你已经死了，现在的你只不过是以另一种形态活着。” 接受了这个事实的悠二决定与这位灼眼红发美少女一起为世界而战，并以少女的武器名来称呼她为“夏娜”。为了世界的未来，夏娜被卷入了一次又一次的战斗之中，二人的羁绊就此展开。
故事发生在天之御船学园一年级七班内，这是一个十分特殊的班级，这里汇聚的，是背负着“负之业”的不幸少女们。虽然一辈子都没走过运但依然对生活充满了希望的花小泉杏（花守由美里 配音）、陷入了绝对不会有结果的单恋之中的云雀丘琉璃（白石晴香 配音）、体弱多病，常年缠绵病榻的久米川牡丹（安野希世乃 配音）、无时无刻不在迷路中的超级路痴萩生响（山村响 配音）、总是散发着吸引雌性生物的荷尔蒙并因此感到十分困扰的江古田莲（吉冈茉佑 配音）。 这些孩子们，虽然各有各自的不幸，但每一天依然努力的生活着，希望能够在不幸的间隙中找到属于他们的幸福。
