舞台位于乡下的名门女子初级中学——私立蜡梅学园。 有一位名叫明日小路的少女，梦想着能够穿上这所学园的水手服。 因为某个契机，她实现了这一梦想，于是在紧张中迎来了开学典礼的日子—— 「我要穿水手服」 怀抱着决心，少女梦想的初中生活就此展开♪ 同班同学、学校供餐、社团活动… 小路拼尽全力，奔跑在充满“第一次”的每一天！ 这是少女们闪闪发光的青春日记。 「我能交到很多朋友吗？」
故事发生在一个名为“童话王国”的魔法世界之中，替这个世界供给能量的，是漂浮在天空上的幸福之星。糟糕的是，近日里，幸福之星接二连三的消失了，如果这样的情况继续下去，那么童话王国总有一天会消失不见。为了避免这样的情况发生，女王决定派出三个魔法宠物前往人间，他们要找到有资格成为偶像公主的三名少女，委托她们帮助童话王国收集幸福之星。这三人便是雪森苹果、高城蕾拉和笹原名月。 在魔法的加持之下，三名少女得以暂时拥有长大成人的模样，她们通过她们的歌声和舞蹈给人们带来幸福快乐，因为变身维持的时间非常的短暂，所以她们也被人们称为“谜一样的美少女偶像公主”。
神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。 在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。 出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。
