煌历3015年，世界因两个超级大国的冷战而四分五裂，原本守护岛国尼尔·卡姆伊的“红龙”发生异变而暴走。为此，来自三国的精英们组成了名为“混成调查队”的部队，岛国的命运将背负在他们的身上……
在经过了「女皇之刃 流浪的戰士」以及「女皇之刃 王位的繼承者」，第三季的动画已确定为「女皇之刃 叛乱」，这次的故事可是建基于「女皇之刃」原作的第二系列第一作「叛乱的骑士姬」，所以这次的主角将会是由骑士公主安妮洛特担任。第三季的故事将讲述在前二季动画中，经过前所未有的激烈战斗后第三十届「QUEEN’S BLADE」最终结束。 前任女王，逢魔女王阿尔德拉被打败了，新一任的女王由雷云之将克劳迪特上任。 本身被公认是人格高尚的克劳迪特成为女王之后却性格大变，让整个大陆陷于战火的地狱之中。为了对抗这暴君的暴政及抹去人民的絶望，骑士公主安妮洛特便展开行动，与跟自己结成义姐妹的美斗士一起，扬起叛乱军的正义旗帜。安妮洛特与克劳迪特的战斗就此不可避免地终将展开，喜欢「女皇之刃」系列的大家又可以一睹众美少女战士的英姿了。
互いへの想いを通じ合わせた涼と颯馬は、ついに恋人同士に。 心もカラダもより深く繋がってラブラブな日々…と思いきや、涼の職場に元カレ・玲が現れて！？ 3人の頭をよぎる、すれ違った学生時代の記憶。 関わるまいとする涼だが、玲とチームを組むことになってしまい――
