A.S. 122年―― 这是许多企业进出宇宙，建构起巨大经济圈的时代。 从水星转学到阿斯提卡西亚高等专门学园的斯莱塔·墨丘利， 作为米奥莉奈的新郎，作为股份有限公司高达的一员，度过了充满邂逅与刺激的学园生活。 自奎达工厂发生的事件至今已过了两个星期。 斯莱塔身处学园，日日衷心期待米奥莉奈再会之日的到来。 而米奥莉奈则置身贝纳里特集团本部，紧盯着父亲的状态。 新的困难袭向两人，并且将被迫做出决断。 少女们将各自的思想心怀于胸，前行面对高达所带来的强大诅咒。
公元2011年，美国佛罗里达州。空条徐伦在与恋人开车兜风时遭遇交通事故，之后因被人陷害而获刑长达15年之久。 她被关押在州立绿海豚街重警备监狱——别名“水族馆”。被逼到绝望边缘的徐伦，却通过父亲托付给她的吊坠而觉醒了体内不可思议的力量。 “这个世界上存在着比死亡更可怕的事情 而且这件事情将必定在这家监狱发生。” 这是出现在徐伦面前的神秘少年所留下的讯息。难以理解的事件接连发生。前来探监的父亲空条承太郎口中讲述的恐怖事实，以及一个叫做“DIO”的名字……
舞台会设定在自横滨大街陷入混乱的那个事件以后的3个月，主人公之一的紫携手失忆少女初，再度以侦探的身份开启了他们的活动。究竟亚特为什么会把枪口对准奈斯？包裹着谜团的真相即将在今年夏天揭晓。
升上二年级的泽村荣纯，终于拿下了春季甲子园的入场资格！ 目标仅仅是全国制霸！！ 名校终于复活。青道高中棒球社的极速进击开始！！
经历漫长的战争之后便是极速成长的新时代。为准备中忍考试，佐助的女儿宇智波佐良娜，优秀下忍巳月，以及漩涡博人三人，在村子里的练习场进行着各种练习修行。 第一次考试是考验智力，二次考试团则是队合作。不断突破难关的博人他们，终于在第三次考试的个人战格斗场在五影的见证下与鹿丸的儿子对阵。 而正在这时扭曲空间的大爆炸袭来，出现自称大筒木桃式和大筒木金式的二人组，操纵着寄生在双手里的写轮眼的他们一心想要夺取鸣人的性命，最终鸣人被他们带走。 第一次知道父亲走过的路，以及明白了对父亲的思念的博人，将他那幼小的身影与幼时的鸣人重叠的佐助和五影一起，进入有敌人等待的异空间，向敌人发起了有着必死决心的挑战。
