A.S. 122年―― 这是许多企业进出宇宙，建构起巨大经济圈的时代。 从水星转学到阿斯提卡西亚高等专门学园的斯莱塔·墨丘利， 作为米奥莉奈的新郎，作为股份有限公司高达的一员，度过了充满邂逅与刺激的学园生活。 自奎达工厂发生的事件至今已过了两个星期。 斯莱塔身处学园，日日衷心期待米奥莉奈再会之日的到来。 而米奥莉奈则置身贝纳里特集团本部，紧盯着父亲的状态。 新的困难袭向两人，并且将被迫做出决断。 少女们将各自的思想心怀于胸，前行面对高达所带来的强大诅咒。
在美国的国际宇宙开发研究所，对开发宇宙有着无比热情的年轻研究员·冲一也自愿接受成为行星开发用改造人·代号“Super 1”的改造手术。 但是，知道Super 1存在的黑暗国家·多古马王国要求把Super 1交给他们。之后，拒绝交出Super 1的研究所被多古马派出的怪人所摧毁，存活下来的一也决心与多古马抗争到底，但现在以他自己的力量还不能变身。 一也为了学习变身的奥秘而回到日本，拜赤心寺门下，学习赤心少林拳。半年后，经过地狱般磨练的一也终于掌握了变身成Super 1的技巧，并展开了与多古马的怪人战斗。
中高一貫のスポーツ強豪校・栄明高校に入学する、男子バドミントン部の一年生・猪股大喜。 大喜は毎朝、朝練で顔を合わせる一つ上の先輩、鹿野千夏に恋をする。 千夏は女子バスケットボール部のエースで、校内外問わず人気の高嶺の花。 部活に恋に勉強に、大喜にとって忙しい高校生活がはじまる、そんなある日――
时为公元2202年。 自从宇宙战舰大和号从那场单程长达16万8000光年、通往伊斯坎达尔的壮大航海中回归以来，已经过了3年——。 在“宇宙恢复系统”之下取回先前蓝色样貌的地球， 与卡米拉斯帝国缔结了和平条约。 在复兴的同时，为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。 伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有，地球开始迈向扩军之道。 这真的是在无可替代的多数牺牲之后，大和所达成的真正的和平吗？ 期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿，将大和邀往新的航海。 如今，席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁，正在逼近地球——。
利用检测杀意的系统“罔象女”搜查犯罪事件的组织，通称“仓”。 然后，神探·酒井户身为“罔象女”的驾驶员进入犯人的深层心理“杀意世界（井）”，对事件进行推理。 他不断追寻着频繁发生、谜团重重的凶恶事件，以及在其中若隐若现的连续杀人鬼制造者“约翰·沃克”的影子。
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雅典娜的哥哥，传说中的太阳神亚伯复活，受众神之命在地上世界引发大洪水来达到肃清人类的企图。身为雅典娜的纱织打算阻止亚伯，反被亚伯杀死，灵魂坠入死之国度。为了拯救雅典娜，星矢等人潜入了圣域的禁地“Dignity Hill”，面前却被在十二宫之战中战死的撒加等黄金圣斗士以及从神话时代开始就守护亚伯的“日冕圣斗士（Corona Saint）”所阻挡。面对以往从未遇到过的强敌，星矢等人最大的激战展开！
