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　　将元号改名为“平成”之后的20余年，进入21世纪初期的日本。将日本从闭关锁国状态中解救出来的德川幕府仍然维持着统治，庆康第25代就任将军之位。 　　故事的舞台是座落在富士山麓的大型教育机构武应学园私塾。在这间学校，学生会执行部将反对德川家的人判定叛乱份子强行进行镇压并把这种行动称之为“丰臣狩猎”。面对他们的粗暴举动，越来越多的人感到不满。 　　故事的主人公是父亲失踪后，在柳生道场暂代师傅职位的在校生柳生宗朗。他对学生会进行的“丰臣狩猎”行动抱有疑问而主动和执行部保持了距离。然而有一天，柳生宗朗突然收到学生会的命令，要求他明天立刻交出道场。当天晚上，柳生宗朗和平日一样在道场进行修炼，突然间从屋顶上掉下来一名手持兵刃的美少女。之后，这名自称柳生十兵卫三严的美少女用华丽的剑术击退了突然来袭的风纪委员长服部忍群，从这之后，就不断有继承了历史名将名称的美少女出现在柳生宗朗面前。

　　1989年，日本。                                    
                               　　乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。                         

15世纪的欧洲某国。在跳级中被允许进入大学的神童拉法尔。他回应了周围的期待，宣布将专攻当时最重要的神学。但是，从以前开始就热心投入的对天文的热情一直没有被抛弃。 　　有一天，他遇到了一位名叫休伯特的神秘学者。因为触犯了基于异端思想的禁忌而受到拷问，被关进监狱的休伯特。 　　他研究的是关于宇宙的冲击性的“某个假说”——。

相良宗介中士是神秘的国际组织米斯利尔特殊部队成员，这一次任务是化装成高中生潜入都立阵代高校，去保护一位16岁的女高中生千鸟香奈芽，这位蓝发少女似乎和普通的女高中生没有什么两样，但却成为各国间谍秘密争夺的目标，为了保护千鸟，宗介与其他神秘组织对峙，使得都立阵代高校成了一块危险之地，校内随时发生疯狂的机枪扫射及山崩地裂的爆炸事件。 宗介与高卢决战之后，宗介继续担任千鸟的贴身保镖，可是他的性格无疑又为校园的安全和世界的和平蒙上了层层阴影，作为学生会副主席的千鸟当然不能袖手旁观，在宗介作出一些危险的事情之后，一场痛打是免不了的。 P.S. 本作故事发生时间被设置在第一季与第二季之间，看完第一季后再看本作观感更佳。

国中时期曾获得最优秀选手奖的男主角长谷川昴，因为篮球社社长的关系而使他在高中的篮球活动被禁止，正当他灰心之际，他那在国小当老师的阿姨篁美星介绍他到私立慧心学园初等部教萝莉打篮球。 于是就这样，被半强迫的他成为国小女子篮球社的临时顾问。成为临时顾问的头一天就受到五个女仆装的小女生列队欢迎。原来这五个小女生是篮球社仅有的社员，只有一个有篮球经验，其他都是新手。于是他也就此展开了和萌萌少女们在篮球之路上共同奋斗的一段故事。五位性格各异的萝莉喊着哥哥、哥哥，教练、教练的篮球生活开始了。