故事发生在水果世界之中。曾经，这里笼罩在宁静和祥和的氛围之下，直到有一天，守护着这个世界的七彩莲花被偷走了，噩梦开始了。邪恶的老板霸占了七彩花果山，在那里建造了一间水果加工厂，老板手下有着邪恶的四名爪牙，他们分别是天下无贼（李团 配音）、乱臣贼子（赵然 配音）、认贼作父和贼眉鼠眼（鞠月斌 饰）。每当工厂需要生产果汁时，四人便会触动抓来水果村的村民们将它们作为原料。 英雄（赵然 配音）和无极（陈铁 配音）是果冻学园里两位德高望重的师父，他们深入敌后想要制服老板，却反而落入了陷阱之中。橙留香（陆双 配音）、菠萝吹雪（祖晴 配音）和陆小果（王巍 配音）三剑客为了拯救师父而踏上了旅途。
《小济公》以当代少年儿童的心理与视角，用动画独特的视觉语言，讲述了我国著名民间传奇人物济公小时候发挥聪明才智、怀揣正义和勇气来扶弱济贫、助人为乐的故事。片中的故事情节颇为有趣，引人深思，让观众们在潜移默化中领悟到做人做事的道理。
林清涵爷爷危在旦夕，一干亲戚却为了争夺家产，不顾林氏集团的安稳，用尽各种卑劣的手段，却陷害女总裁林清涵，然而，却被有“撒旦”之称的龙王殿之主，女婿张玄，给一一化解。
主人公逸徇受父命前往上石郡，意欲收复政权，铲除清理当地掌权机关“玄天司”首领——葛覃。不料方到上石郡逸徇却倍受到冷遇，葛覃尽显地头蛇风范，逸徇第一战出师不利。恰逢此时少女十一月前来行刺葛覃。逸徇顺势借此事件还以玄天司众部颜色，宣告自己的主权。但十一月行刺未果遇险，逸徇好意救下十一月，不料却反被十一月绑至小树林。二人暗中交谈，逸徇从十一月口中了解到古族的往事，意识到可以利用古族之力与玄天司对抗，于是替十一月解毒，打算招募她为自己所用。不料玄天司黍离带领追兵包围小树林，二人陷入险境，葛覃也于此时现身。葛覃强行要带走十一月，不惜与逸徇爆发冲突，两伙人在树林大战。战斗中逸徇无意间触发自己古族的血脉，复刻了十一月的图腾，并且借助其灵力，带领重伤的十一月一起脱逃。逸徇在十一月的带领下前往古族圣地，从中了解了古族的历史，也确定了自己的古族身份。但二人无意间惊动镇守圣地的神兽应龙，为救十一月逸徇再次复刻图腾，激活自己体内的古族血脉。两人刚刚脱逃，便遇到了外出采药的少女楚茨。逸徇带着二人重返上石郡，在北城门处设计摆了葛覃一道，将十一月神不知鬼不觉带入了城中。逸徇入住郡守府，楚茨身份揭晓，竟然也是古族。但十一月伤势未愈，为了医治十一月，楚茨与逸徇打算一同进山寻药。彼此陌生的逸徇与楚茨二人在采药过程中相互猜忌，不幸遭遇了野熊决明。决明在看见血液后暴走，他的背后似乎有关于玄天司的秘密。于是逸徇、楚茨合力制服决明，取得草药下山回府。逸徇也终于下定决心与古族联手合力对抗玄天司，却遭到贴身护卫弈的反对，弈甚至暗中派人毁掉草药。所幸楚茨利用灵力救活草药，十一月才得救苏醒。而葛覃通过跟踪逸徇，得知了决明的下落。原来决明是玄天司研究的变异古族，于是葛覃秘密派出其他变异古族去抓捕决明...
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