神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
在高科技的未来世界,人类在来自奥茨玛星球科学家啦啦的帮助下，制造出了代表人类科技最高技术水平的龙骑手镯，手镯能够召唤出性格各异、能力巨大的机械恐龙。但是，一股想称霸地球的邪恶势力暗中精心策划了一起抢夺手镯的阴谋。黑暗势力在抢夺手镯失败之后，召唤出了具有强大破坏力的克隆异形-百兽王来袭击人类。为了对抗黑暗势力研制出来的百兽王，龙骑队员决定回到亿万年前的恐龙时代，找到五只最优秀的恐龙王的蛋，提取基因，完善龙骑手镯，抵抗百兽王。
“所有人都变成了琉璃一般的东西，然后他们都消失了……“ 长安惊现幻境危机，各方势力潜滋暗长，马蹄疾乱、剑锋争鸣，王者英雄少年李白能找到真正的幕后真凶吗？
超级雪崩把玄蚂军团和鸡佬喔冲上了天，大家一起开启了穿越时空之旅！在穿越途中，鸡佬喔感染了超级病毒，幵且把病毒传播到了新的吃鸡战场！那么，玄蚂军团能否战胜病毒，成功吃鸡呢？
奶龙经常因为自己蠢萌的性格和新奇的想法给小七惹了不少的麻烦和笑话，而小七虽然嘴上吐槽奶龙，但等奶龙真正遇到问题或危险时，又勇敢地挺身而出，帮它解决各种问题，两人的友谊因此越来越稳固。
在这一季里，超级飞侠们都升级成为了愿望守护者 。 在新的一季中，超级飞侠们将摇身一变成为勇敢的愿望守护者，他们不仅拥有酷炫的新装备，同时每个超级飞侠都拥有不同属性的能量球。 在遇到困难需要帮助时，呼叫愿望守护者，启动愿望守护者程序，超级飞侠会带着不同的能量球，启动能量球，加入愿望守护，共同解决面临的阻碍与困难。 愿望能量球可以给超级飞侠和孩子们相同的强大力量去武装来完成伟大的事情，每个愿望能量球蕴含来自于我们身边的自然世界中不同的超强能量，它们是旋风、水波、大地、钢铁、动物、闪电、火焰等能量。 愿望守护者的任务是为小朋友们排忧解难帮助小朋友们实现他们的美好愿望。
在本季《超级飞侠》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
