《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
南宋临安，小白五百年后终于觅得阿宣的转世—许仙，二人断桥相遇。小白小青隐身街巷，和许仙还有姐夫李公甫一起开始了人间的热闹生活。却不想杭州城中突发怪事，金山寺法海除妖而来，意外揭开了小白和小青的蛇妖身份，许仙惊恐目睹小白化身巨蟒……浮生中这一场生死情劫，许仙值得吗？
星球在战之后的百年，白鸽岛一场简单的庆典。却引来了外星人争夺神秘石像的战争。毫无心理准备的白鸽岛顿时陷于惊慌失措之中。在现阶段的外星人统治下，原本相互为敌的几方人被迫在白鸽岛一起居住。外星人打着寻找自己各族隐匿在人类中的头叛徙的旗号，挑动人类相互怀疑残杀。而自己扮演一个救世主，从面而使人类在精神上屈服。在武力的胁迫下，无知的人们把自己的邻居——“外星人的叛徙”推上了断头台。少年天望，承受着同的屈辱，忍辱负重独闯阴阳之界去收集对付外星人的第七种元素，途中历尽生死磨难，灵魂与肉体倍受煎。在他的带领下，少年们与邪恶展开了殊死搏斗，以宝贵的生命，满腔的热血重塑了人类的尊严。
光头强（谭笑 配音）和爸爸（孟雨田 配音）之间的关系一向不算太好，两人分居两地，很少有联系。这一天，光头强的爸爸突然来到狗熊岭探望自己的儿子，虽然爸爸对待光头强照顾的十分周到，但三观不合的两人之间还是很快就发生了冲突。 在父子两人又一次爆发激烈的争吵时，光头强和熊大（张伟 配音）、熊二（张秉君 配音）意外的被“缩小机”给变小了，并不知道事件真相的光头强爸爸以为儿子失踪了非常的伤心，遂选择了离开。他并不知道的是，自己在无意之中带走了缩小机。就这样，为了恢复原本的尺寸，光头强带着两头熊开始了寻父之旅，被缩小后的三人需要面对的，是平常万万想象不到的困难和麻烦。
